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净水渔业是以净化水环境为目的，通过人工放养适当的净水生物（鱼、螺、贝类）以改善水域的水生生物群落组成，修复和维持水域生物多样性的一种渔业生产方式，也是水产养殖未来发展的一个重要方向。 水生植物分挺水植物、沉水植物、浮水植物，在实际应用中，水生植物能否发挥其最大的净化及应用潜力，关键在于植物种类的选择和植物群落的搭配。
须根据不同植物的生长特点进行合理搭配，使水生植物的覆盖率始终维持在一个较高的水平。例如，菹草对水体和底泥中的氮、磷、锌、铜、砷等有较强的吸收、富集作用，当菹草保持覆盖度为50%时，生物量最大，净化效率也达到最大。在水生植物群落恢复后，须应用生态系统稳定化管理技术进行维护管理。水生植物死亡后，其分解腐败过程将严重影响水质，因此，必须进行收割管理。水生植物大量吸收水体中的氮、磷等营养物质，通过除草的方法可将河内的物质与能量有效输出。
鱼类和其他许多水生生物都是天然水域中生物群落的重要组成部分，通过食物网络关系与物能流动，转化氮磷等营养性物质，是水体生物自净的基础。
鲢鱼属中上层鱼，春、夏、秋三季，绝大多数时间在水域的中上层游动觅食，冬季则潜至深水越冬，属于典型的滤食性鱼类。鲢鱼终生以浮游生物为食，饵料及摄食有明显的季节性，春秋两季除浮游生物外，还大量吃腐屑类饵料；夏季水位越低，其摄食量越大；冬季越冬少吃、少动，适宜在肥水中放养，食欲与水温成正比。
鳙鱼主要以大型浮游生物及水体中的腐殖质为食，因此在河里放养，可以摄食大量的有机肥培养的大型浮游植物、浮游动物及腐殖质。
鲢鱼、鳙鱼对浮游生物的高强度摄食使浮游生物总生物量和蓝藻生物量明显下降。
螺、贝类的食物来源广泛，包括藻类、无机物质、有机碎屑、摇蚊幼虫、水生植物及动物性食物等，其中以有机碎屑和藻类为主要食物。螺、贝类作为刮食者，在水生态系统中具有重要作用，可加速腐屑分解，调节泥水界面的物质交换，而且可以直接吸收溶解的营养物质，从而起到净化水质的作用。螺蛳、河蚌不仅能直接吸收水中的有机质，其分泌的黏液还是一种优良的絮凝剂。在中营养和富营养湖泊内，通过增加螺、贝类放养量，补充底栖动物资源数量，增加系统稳定性，促进物质循环，达到净化水质的目的。
在该模式中，不养草鱼是为了保护水草，放养食碎屑性的鱼类和底栖动物是为了清洁底层积累的残渣，其中较关键的措施是增加放养小型肉食性鱼类，如塘鳢鱼、黄颡鱼等，这些小型肉食性鱼类可以捕食大量的小型野杂鱼，这样就增加了浮游动物的数量，降低了藻类生物量，达到恢复水质的作用。
一个良好水体的微生物环境需要经历积累、成长、成熟的过程。在水质恶化的条件下，水体的微生物环境被打破，所以，要人为向水体投加微生态制剂，以尽快形成良好的微生物环境。可根据不同水体中各种污染物质和微生物的分布情况，有针对性的选择多种微生物配比搭配进行投放。常用的微生态制剂有光合细菌、芽孢杆菌、硝化细菌、双歧杆菌、乳酸菌等。
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