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— Now —  欢迎联系 在上一期中，小编给大家带来了分子对接技术的简介，一项让研究增彩加分的实用技能（点击查看）。那么如何快速确定自己的研究对象是否适合分子对接呢？在本期中，小编将从文献调研、数据库搜索和同源建模这三个方面为大家细细讲解！ 文献调研是必经步骤，而且也是确认研究项目是否适合分子对接的最快方法。研究者可以通过PubMed，谷歌学术等免费文献数据库，输入自己的靶标+分子对接关键词（如molecular docking, binding mode, binding pose）。以表皮细胞生长因子受体（EGFR）为例，EGFR是治疗非小细胞肺癌（NSCLC）重要的靶标，例如图1的谷歌学术搜索，直接搜索关键词EGFR + molecular docking这两个关键词，结果数不胜数（图1）。研究者通过实验发现所用的干预物质可能是靶向EGFR发挥作用，那么可以进行分子对接！是不是感觉非常简单快速呢？小编要强调，只要有别的研究者进行过相关靶标的分子对接，那么这个靶标基本可以放心进行分子对接！ 图1 文献快速定位靶标分子对接可行性（EGFR+molecular docking关键词为例） 蛋白结构数据库（Protein data bank, PDB）是目前全球最大、信息最全的蛋白晶体结构数据，目前已经报导的结构靶标都在蛋白结构数据库上有收录。网址：http://www./pdb/home/home.do（图2）。 图2 PDB数据库首页
确定一个靶标是否有晶体结构，直接在搜索栏输入自己的靶标名称即可。以EGFR为例，可以看到网站上显示了上百个结构，这些结构由不同的研究者解析，每个研究者解析的精度，所含的配体都不尽相同（图3）。每个晶体编号都对应相应的信息和文章，研究者需了解更多信息可以打开文章的链接。既然有蛋白结构，分子对接自然也不是难事。 图3 PDB数据库中搜索EGFR关键词的结果 同源建模又称为比较建模,其原理是序列相似则结构相似,即存在同源关系的两条序列具有相似的结构。当两条序列的同源性大于30%时,序列的同源性能够暗示两者结构相似,序列的同源性越高则结构模型的准确性越高。假如我们所研究的靶标蛋白只有鼠源的，并没有人源的，甚至没有报道过的晶体结构，那怎么办呢。我们可以采用uniprot数据库（图4）进行序列搜索，然后通过Swiss model同源建模网站进行同源建模得到结构（图5），同样可以进行分子对接。此方法需要研究者对研究靶标足够熟悉！ Uniprot网址：http://www./ 图4 uniprot数据库首页
swiss model网站： https://swissmodel./ 图5 swiss model同源建模数据库首页
相信介绍到这里，大家对自己的研究靶标是否合适分子对接技术有了初步了解，赶紧动手查查吧！小编先介绍到这里，具体的操作和技术在以后的日子里会慢慢更新，感谢大家支持我们Sinoscript！下一期关于分子对接的内容，我们将分享LeDock教程，敬请期待。
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