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三元气泡(散点)图的绘制

 萌小芊 2018-02-06

我们会在一些高分杂志上看到一种外形是等边三角形的散点图或气泡图(如下图),非常高大上。而且基迪奥生物的生信交流群(群号:659344871)也有童鞋问三元图怎么绘制,嗯,今天就介绍下如何用Origin绘制三元图吧。

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三元图的简介


三元图,又称三元相图(Ternary plot)有三个坐标轴,与直角坐标系不同,它的三个坐标轴“首尾相接”成夹角为60度的等边三角形。“元”即成分,或部分,三元图主要用来展示不同样本的三种成分的比例,在物理化学中比较常见,如合金中不同组分的比例等。而上图则是展示三种“环境”中不同OUT的比例和丰度。


三元图数据的特点是三种成分比例的和必须为一定值(常见为1),当然,这也由等边三角性的几何性质决定的(如下图,中学生的几何证明题~)。

 


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数据准备


数据的特点是三种成分的比例的总和为100%,可以再加入一列数据(下图的sample列)表示分组和用于为不同样本着色,(如果作气泡图,需要再引入一列数据表示气泡的大小,如下图的number)。为了便于观察,这里的示例数据的每个样本仅有3个水平(如下图)。

 


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图表绘制与导出


数据整理后,通过 Plot/Ternary (如下图)的Bubble+Color Mapped 绘制三元图气泡图(用Color Mapped ,不选number列就可绘制散点图)。

 


选择数据后,点And,再点OK即可,如下图。



通过右键 图例/Legend/ Categorical values 和 Properties 更改图例的显示方式,相似的方法,更改数据点的形状透明度,绘制的结果如下图



当然,如果是选择Color Mapped绘制的散点图如下图。


此外,图表的个性化美化调整大家可参考《柱状图的坐标轴如何“中断”?》,《如何用Origin画“箱子和胡子”图?》等几篇Origin教程,这里不再赘述。最后,导出图片即可。


今天的内容就到这里啦~


参考文献

Zgadzaj R, Garrido-Oter R, Jensen D B, etal. Root nodule symbiosis in Lotus japonicus drives the establishment ofdistinctive rhizosphere, root, and nodule bacterial communities[J]. Proceedingsof the National Academy of Sciences, 2016, 113(49): E7996-E8005.


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