科学网

R绘制火山图

 2016-4-24 10:38 |

火山图（Volcano Plot）在一张图中显示了两个重要的指标（Fold change/p-Value），可以非常直观且合理地筛选出在两样本间发生差异表达的基因。

检验分析出两样本间显著差异表达的基因后，以log2（fold change）为横坐标，以T检验显著性检验P值的负对数-log10（P-value）为纵坐标，即可得火山图（Volcano Plot），利用一定的筛选条件（如大于1.5倍变化且P<0.05）,可以筛选出显著差异表达的基因，进行后续研究。

我们可以利用R的plot函数直接绘制火山图，定义点的颜色如上图所示。

这里我们提供另外一种绘制火山图的方法：

根据设定的阈值，在生成的火山图中绿色部分即为差异表达基因，我们可以对这部分基因进行后续的功能分析。