用过Linux服务器分析数据的小伙伴,一定对Linux强大Shell命令所折服,经常会感觉windows缺少这些命令而感觉不方便。 还有想学习Linux Shell命令的小伙伴,一直没有一个很好的学习环境。双系统安装涉及分区改变对硬盘数据不安全,虚拟机效率太低,服务器也是不每个人都会买的。 现在方便了,Github推出了一款软件 gitforwindows,只有30 M的一个windows软件,却可以取代windows下的dos环境,轻松实现200多个linux命令,让每个windows用户轻松拥有一个功能强大的终端。 Windows用户和Mac只差一个git的距离! 安装 gitforwindowsGit for Windows,主页:http:/// 下载完毕,双击开始安装,全都默认选项,一路 如何使用默认安装成功,在桌面或任何文件目录中,点击右键菜单中会有 左键单击 现在你有了一个功能强大的终端,管理你windows文件系统像linux一样。 如 值得注意几点:
Git有那些Shell命令 本质上Git将Linux命令重新编写了适合windows使用的exe可执行文件版本,查看一下系统中有那些可用的linux命令: # 进入系统命令目录cd /bin# 查看所有exe可执行程序ls *.exe 列出了247个Shell命令程序,不在目录的shell命令也可上网搜索相应的windows版本exe文件,人工添加至windows环境变量即。 看看git支持哪些常用命令 是不是已经很强大了,强大到了一多半你都没用过。刚入门的小伙伴够学习一阵了。 其实我们常用的也就几个:
简单的fasta文件操作例子我们在桌面上进建一个test文件夹,进入后右键执行 git bash,这时我们的起始目录即为当前test目录 我们创建一个fasta序列文件,内容如下: >protein1MEMEQEKMTMNKELSPDAAAYCCSACHGDETWSYNHPIRGRAKSRSLSASPALGSTKEFRRTRSLHGPCP>protein2VTTFGPKACVLQNPQTIMHIQDPASQRLTWNKSPKSVLVIKKMRDASLLQPFKELCTHLMEENMIVYVEKKVLEDPAIASDESFGAVKKKFCTFREDYDDISNQIDFIICLGGDGTLLYASSLFQGSVPPVMAFHLGSLG>protein3FLTPFSFENFQSQVTQVIEGNAAVVLRSRLKVRVVKELRGKKTAVHNGLGENGSQAAGLDMDVGKQAMQYQVLNEVVIDRGPSSYLSNVDVYLDGHLITTVQGDGVIVSTPTGSTAYAAAAGASMIHPNVPAIMITPICPHSLSFRPIVVPAGVELKIMLSPEARNTAWVSFDGRKRQEIRHGDSISITTSCYPLPSICVRDPVSDWFES>protein4LAQCLHWNVRKKQAHFEEEEEEEEEG 复制上以fasta格式蛋白序列全部内容,在终端中输入如下命令:cat加>创建新文件 cat > test.txt 回车执行上述命令即开始编写文件状态,我们只需 接下来对这个序列文件进行简单的操作: # 使用cat命令显示文件内容cat test.txt# fasta文件通常为.fa的扩展名,mv命令改名mv test.txt test.fa# 文件很大可使用less按页查看,空格翻页,q退出查看模式less test.fa# 只查看序列名称行grep '>' test.fa# 统计序列条数:即上条命令接wc统计字数,-l只统计行数grep '>' test.fa |wc -l# sed去除序列名中的大于号grep '>' test.fa | sed 's/>//'# 显示每条序列长度# 基本思路将fasta文件多行并单行两列,为序列名和序列# 统计第二列长度并输出awk '/^>/ {printf('\n%s\t',$0);next;} {printf('%s',$0);} END {printf('\n');}' test.fa | awk '{print $1,length($2)}' 现在我们可以在windows里轻松实现大文件操作,文件查看、压缩解决,序列分析,是不是很方便。 筒子们,燥起来吧! Linux小抄入门小伙伴推荐学习Linux CheatSheet —— 常用linux命令速记表,来自fosswire.com,有多国语言版本,随身常看,快速入门。 |
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