最全长链非编码RNA数据库介绍（上）

生命科学研究中非编码调控RNA可谓是研究最火的领域之一，大量lncRNA数据不断积累和各种资源数据库被开发出来，使我们更加方便地查询和研究。数据团队整理相关文献总结出了24个数据库和工具。接下来我们会对每个数据库和工具进行一个简短的总结，并提供相关的链接和文献。

1.Noncode

NONCODE v4是一个全面的综合注释数据库，数据由二代高通量测序技术产生，涵盖所有类型ncRNAs，（除了rRNAs and tRNAs）。NONCODE的优势之处在于其ncRNA注释，提供编码能力评估，位置信息，表达信息和潜在功能以及共表达等信息。另外它还对先前的基因芯片数据重注释，以获得更多的lncRNA表达信息。

http://www.

2.LncRBase

LncRBase是一个基于特征序列（如CGIs和重复序列）来分析IncRNA功能的注释数据库。2015年11月，LncRBase收录了83201个鼠的和133361个人类的ncRNA转录本，分析内容包含 “lncRNA-ncRNA互作”或“Alu repeat elements”结果。

http://bicresources./zhumur/lncrbase/

3.lncRNome

lncRNome是专门收集人类lncRNAs信息的知识数据库，包括疾病、表达、生物功能和表观遗传等相关信息。

http://genome.igib./lncRNome/

4. NRED

NERD是一个发育和分化相关的基因芯片数据库，包含各种组织特异表达的lncRNA。用户可以在特定的器官，部位和细胞中查询lncRNA的表达情况。http://nred./cgi-bin/ncrnadb.pl

5.C-It-Loci

C-It-Loci收录了来自人类、鼠和斑马鱼的组织特异性IncRNA数据库。它考虑了lncRNAs序列的保守性，能使用物种间保守性区域或位点来识别相关lncRNAs。

http://c-itloci.

6.Co-LncRNA
Co-LncRNA提供了lncRNAs共表达、GO注释和KEGG通路的富集分析结果。数据主要来自细胞系和人类样本的RNA-Seq实验数据。
http://www./Co-LncRNA/

7.LNCipedia
LNCipedia是一个人类lncRNA转录序列和结构的注释数据库，使用二级结构信息建立了一个标准统一的分类和命名体系。lncRNA信息包含编码能力评估，预测开放阅读框和二级结构等信息。
http://www.

8.LncRNA2Function
LncRNA2Function是一个lncRNA功能注释的数据库。LncRNA2Function注释了来自GENCODE数据库的lncRNAs，结果包含通路注释和GO注释。
http://mlg./lncrna2function/

9.lncRNABase (starBase) v 2.0
Starbase是一个lncRNA与其他分子相互作用的数据库。主要使用CLIP-seq和CLASH等实验数据来支持mRNAs，miRNAs，RNAs，蛋白质和其他各种类型的ncRNAs之间的相互作用。
http://starbase./mirLncRNA.php

10.lncRNAdb
LncRNAdb是一个真核生物的lncRNA综合数据库。数据库包括特异的序列结构信息，如转录本、基因组位置、表达、亚细胞定位和保守位点以及相关的功能和疾病。
http://www.lncrnadb.Org

11.fRNAdb
fRNAdb结合了SRE和CGI信息以及表观遗传学数据（甲基化、组蛋白修饰），以提高lncRNA的准确性。
http:///database

12.Linc2Go
Linc2Go是一个lncRNA的功能注释数据库，它基于ceRNA假说，即假设lncRNAs与microRNAs相互作用来抑制mRNA的转录，从而预测lncRNA功能。
http://www.bioinfo./liuke/Linc2GO/

这期先介绍12个，下期将继续介绍另外的12个数据库和工具，敬请期待。

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