服务器搭建: git, miniconda以及bioconda

1.在Linux系统上搭建Git的环境

 

安装所需要的一系列软件：

yum install curl-devel expat-devel gettext-devel openssl-devel zlib-devel 

yum install gcc-c++ perl-ExtUtils-MakeMaker

下载git文件，解压，准备环境，编译，安装

wget https://www./pub/software/scm/git/git-2.7.0.tar.gz

tar xvf git-2.7.0.ta.gz

cd git-2.7.0

./configure prefix==/data2/gyd/git #configure是shell脚本，会检测平台的目标特征，例如是否安装cc,gcc,并生成Makefile，--prefix 可以特化安装路径

make #编译，从Makefile中读取指令，进行编译

make install #安装

make clean #清除临时文件

以上3步均依赖Makefile

设置环境变量

vim ~/.bashrc_profile

PATH=$PATH:$HOME/bin:/data2/gyd/git/bin

export PETH

source ~/.bashrc_profile

安装成功

git --version

2.安装 Miniconda以及 Bioconda进行软件的管理

下载安装

wget https://repo./miniconda/Miniconda3-4.3.21-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh

询问的时候默认Yes添加至环境变量

source ~/.bashrc
输入“conda list”来查看已经安装的软件：

添加channels

conda config --add channels bioconda

查看已经添加的channels：

conda config --get channels

更新miniconda

conda update conda