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年前咱们生信控的读者给小编推了一篇文章，问是否能完全实现？ 当然啦，小编不负众望—望穿秋水—水到渠成的完成了文章的重复工作，所以屏幕前的你如果刚好有这方面或者其他个性化的分析需求，可以找小编搭讪啦！【小编的微信见文章末尾】 那么，本期小编就来跟大家唠唠这篇文章的分析思路，对课题还没太多想法的童鞋可以参考借鉴，且看如何不做实验就能发PLOS ONE！ 文章就是👇这个啦： High expression of lncRNA PVT1 independently predicts poor overall survival in patients with primary uveal melanoma
去年年底发表在PLOS ONE上，其主要研究目的是想说明高表达的lncNRA-PVT1能够独立且有效地预测葡萄膜黑色素瘤（uveal melanoma, UVM）患者的差预后。 一点科普：葡萄膜黑色素瘤是成人最常见的原发性眼内恶性肿瘤，在国外其发病率占眼内肿瘤的首位，在国内则仅次于视网膜母细胞瘤，居眼内肿瘤的第二位。主要经血循环转移，全身转移主要见于肝脏，肝转移所致死亡率高达50%。 更多知识点可参考： http://www.haodf.com/zhuanjiaguandian/shengxinan_3912973198.htm 本研究基于TCGA中UVM患者基因表达数据和临床信息，涉及到的分析（不包括更换癌型后的重复分析），对照文章中的图表，如下： 1、基因表达与临床因素的卡方检验（Table1） 以PVT1表达中值作为分界点，将80个患者分为PVT1高表达组和低表达组，并分别统计每组中各临床属性对应的患者数，进行卡方检验。分析结果表明，lncRNA PVT1的高表达与葡萄膜黑色素瘤的多种恶性特征有关：older age (66.80 ± 11.55 vs. 56.50 ± 14.36, p = 0.0007), a higher proportion of epithelioid cell dominant disease (22/40 vs. 12/40, p = 0.024), more cases of distant metastasis (4/28 vs. 0/27, p = 0.043) , extrascleral extension (6/37 vs. 1/38, p = 0.043) and a higher death rate (20/40 vs. 3/40, p<> 2、基因表达与CNV/Methylation之间的相关性分析（Fig1） 从热图A中结果可大致看出，PVT1基因表达（PVT1 expression RNASeq）随着拷贝数（Copy number gistic2 thresholded）的增加而增加，而与DNA甲基化程度（PVT1 DNA methylation）则存在负向相关性。图B、C中则从统计上给予了佐证，分别表示高拷贝组基因表达显著高于低拷贝组（图B），而PVT1甲基化程度与基因表达之间则存在较强的负相关关系（图C）。该结果提示，拷贝数和甲基化程度可能导致了基因表达水平的改变。 3、PVT1表达与生存分析（Fig2.A） 以PVT1表达中值将患者分为PVT1高表达组和低表达组，K-M生存曲线结果提示PVT1低表达患者（上图蓝色线）整体生存OS显著优于高表达患者（p<> 4、甲基化与生存分析（Fig2.B） 有趣的是，作为PVT1表达失调的机制，低水平的PVT1 DNA甲基化也与不利的OS显著相关（p<> 5、单因素和多因素生存分析（Table2） 单因素结果显示，9个纳入分析的因素中有4个：epithelioid cell dominant uveal melanoma, extrascleral extension, PVT1 expression, PVT1 DNA methylation 与UVM患者OS显著相关（p<0.05,> 在多因素分析中，作者把年龄因素也加入到分析中，结果提示，年龄超过60岁(HR: 2.599, 95%CI: 1.049–6.437, p = 0.039), 上皮样细胞为主 (HR: 4.385, 95%CI: 1.514–12.703, p = 0.006) ，PVT1高表达(HR: 12.015, 95%CI: 1.854–77.876, p = 0.009)均可独立的预测UVM患者的差预后（p<0.05,> 至此，关于lncRNA PVT1在UVM中的分析内容就完成了，其后，作者将同一套分析内容放在皮肤黑色素瘤（skin cutaneous melanoma, SKCM）上复制了一遍，证明了PVT1与SKCM患者预后并无显著关联。 综上，作者经过一系列分析（不知道你有没有一种满满的套路的感觉...），最终证实了lncRNA PVT1在预测葡萄膜黑色素瘤患者预后中的意义！ 怎么样，是不是觉得这个思路...还是可以借鉴的？或者如果你有更符合自己预想的文章或者思路，欢迎交流讨论！ |
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