|
编者按： 敲黑板啦！今天小编请到了运营部的同事，帮大家理一理傻傻分不清楚的ceRNA、ceRNA调控网络、ceRNA分析等名词，帮助大家理清实验思路，也给出了一些实验和分析建议，希望对大家研究ceRNA有帮助哦~ Q1.ceRNA、ceRNA调控网络、ceRNA分析等名词经常出现，这些概念到底有啥区别？ A：ceRNA全称competing endogenous RNA，是一种能够竞争结合RNA的作用元件。通常lncRNA和circRNA会竞争结合miRNA，我们一般把lncRNA和circRNA可以称作ceRNA。ceRNA调控网络全称ceRNAregulation network，指的是有ceRNA参与的整个调控网络cascade。而ceRNA分析指的是对整个ceRNA调控网络进行分析。一般有circRNA-miRNA-mRNA分析或lncRNA-miRNA-mRNA分析。 Q2.如果要进行ceRNA分析，从实验来说，应该从哪些地方准备呢? A：目前ceRNA主要囊括的RNA包括mRNA, lncRNA, circRNA和miRNA，那么只需要构建两个文库：一个是通过去核糖体方式构建的文库，里面可以同时包含mRNA，lncRNA和circRNA信息，再构建一个miRNA文库，即总共两个文库就可以全方位系统解决ceRNA研究需求。 Q3.ceRNA研究的样本需求量是多少? A:一般而言常规样本需求是去核糖体文库需要5ug，miRNA文库需要2ug。当然，联川还提供特殊样本以及低起始量样本的专业解决方案，如果样本特殊或者样品RNA量很低，则需要进行综合评判以给出最佳解决方案。 Q4. ceRNA调控网络内RNA类型好多，感觉无从下手，切入点不是很明确，有没有一些好的建议？ A：ceRNA调控网络分析中目前包含四种RNA，即mRNA、miRNA、lncRNA和circRNA。其中miRNA处于调控的核心地位，当miRNA被lncRNA或circRNA这类ceRNA竞争结合时，受miRNA调控的mRNA转录水平会上升。 Q5. 植物和动物的lncRNA竞争结合miRNA的碱基互补配对规则是一样的吗？ A：不一样。动物的lncRNA以及circRNA竞争结合miRNA时，分析策略与动物靶基因预测相似。植物的lncRNA和miRNA竞争结合与植物的靶基因预测规则完全不同。植物miRNA与mRNA当符合完全的碱基互补配对时，会发生剪切，靶基因会被降解。而植物的lncRNA去竞争结合miRNA时，miRNA必须符合中间部位完全不匹配，有凸起。
Q6. ceRNA结果出来之后，不知道该怎么利用数据去讲故事？ A：放心。联川为客户精心准备了ceRNA论文解读服务，并对论文进行了全方位注释，让您的ceRNA科研之路不再有烦恼。此外，我们还为客户贴心地准备了后期验证大全。若您对后期“湿试验”完全没有思路，我们还为您精挑细选了10多篇高质量工具类论文。有了这些高质量method和protocol的帮助，您的后期试验将会有如神助、如虎添翼！ Q7.是不是涉及到lncRNA，circRNA及miRNA的都只能针对ceRNA进行研究? A：并非是这样，ceRNA只不过是这几种RNA分子调控方式中的一种，也是较为容易着手研究的机制。联川还提供lncRNA-mRNA，circRNA及其hostgene关联研究等。当然了，lncRNA和circRNA的作用机制还有多种多样，如果您想了解更多，请留言给我们。 Q8. ceRNA分析数据需要有哪些？只能针对有差异的才能做吗？ A：联川默认的ceRNA分析，是对差异表达的lncRNA、circRNA、miRNA和mRNA做ceRNA调控网络分析。当然客户也可以指定一些自己感兴趣的序列进行分析。我们可以为客户进行个性化定制的ceRNA分析。 Q9.是否mRNA，lncRNA，circRNA和miRNA都具有ceRNA调控机制呢? A：并非如此，ceRNA调控机制作为普遍存在的现象，但是并非任何mRNA，lncRNA，circRNA都能够具有MRE，对于不具有共有MRE的mRNA，lncRNA，circRNA来说，就不存在ceRNA调控机制。 Q10.如何验证ceRNA调控机制? A：针对选定的ceRNA网络中的分析，进行敲除或者过表达实验，验证相对应的调控分子是否出现表达变化，具体验证方法见第六个Q&A。 好了，今天的Q&A就讲到这里了，有任何问题欢迎大家留言给小编哦~ 相关阅读：
|
|
|
