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GO数据可网址http://www./  基因本体论定义与基因功能有关的概念（'GO术语'），以及这些功能如何相互关联。随着生物学知识的积累，它不断修改和扩展。GO描述了三个方面的功能：分子功能（基因产物执行的分子水平活动），细胞组分（相对于基因产物执行功能的细胞结构的位置）和生物过程（更大的过程，或通过多种分子活动完成的“生物学课程”）。 对本体的持续修改由高级本体编辑团队管理，该团队在生物学和计算知识表示方面拥有丰富的经验。本体更新是由GOC本体团队与请求更新的科学家合作完成的。大多数请求来自科学家进行GO注释（这些典型情况下每个仅影响几个词），以及来自生物学特定领域的领域专家（这些典型地修订本体的包括许多术语和关系的整个“分支”）。我们邀请研究人员和计算科学家提交关于本体中新术语或新关系的请求。 GO本体被构造为有向无环图，其中每个术语已经定义了与同一域中的一个或多个其他术语的关系，并且有时与其他域定义了关系。GO词汇被设计为物种不可知的，并包括适用于原核生物和真核生物以及单细胞和多细胞生物的术语。 在GO注释的例子中，基因产物“细胞色素c”可以通过分子功能术语“氧化还原酶活性”，生物过程术语“氧化磷酸化”和细胞组分术语“线粒体基质”和“线粒体内膜”。 术语形式 GO 定义的术语有着直接非循环式（directed acyclic graphs (DAGs)的特点，而并非是传统的等级制定义方式（随着代数增加，下一级比上一级更为具体）。举个例子来说，生物学途径中有一个定义是己糖合成，它的上 一级为己糖代谢和单糖合成。当某个基因被注解为“己糖合成活性”后，它自动地获得了己糖代谢和单糖合成地注解。因为在GO中，每个术语必须遵循“真途径 “法则，即如果下一代的术语可以用于描述此基因产物，其上一代术语也可以适用。 数据格式 GO的所有数据都是免费获得的。GO数据有三种格式：flat（每日更新）、XML(每月更新)和MySQL（每月更新）。 这些数据格式都可以在GO ftp的站点上下载。XML 和 MySQL 文件是被储存于独立的GO数据库中。如果需要找到与某一个GO术语相关的基因或基因产物，可以找到一个相应表格，搜寻到这种注解的编号，并且可以链接到与之对应的位于不同数据库的基因相关文件。 注释 GO中的术语如何和相对应的基因产物相联系的呢？这是由参与合作的数据库来完成的，它们使用GO的定义方法，对它们所包含的基因产物进行注解，并且 提供支持这种注解的参考和证据。每个基因或基因产物都会有一个列表，列出与之相关的GO术语。每个数据库都会给出这些基因产物和GO术语的联系数据库，并 且也可以在GO的ftp站点上和WEB方式查询到。并且，GO联合会提供了简化的本体论术语（GO slim），这样，可以在更高级的层面上研究基因组的功能。比如，粗略地估计哪一部分的基因组与信号传导、代谢合成或复制有关。 一个基因产物可以被一种本体论定义的多种分支或多种水平注释。注释需要反映在正常情况下此基因产物的功能，生物途径，定位等，而并不包括其在突变或病理状 态下的情况。GO联合会的各个数据库成员采用手动或自动的方式生成注释，这两种方式共有的原理是：一.所有的注释都需要有来源,可以是文字、另一个数据库 或是计算机分析结果；二.注释必须提供支持这种基因产物和GO术语之间联系的证据。 GO分析相关工具汇总 1.GO委员会工具：AmiGO；OBO-Edit； 2.非GO委员会工具：CGAP GO Browser；COBrA；Comparative Toxicogenomics Database；DynGO；EP GO Browser；Gene Class Expression；GeneInfoViz；GeneOntology at RZPD；GenNav；GOblet；GoFish；GONUTS；MGI GO Browser；Ontology Lookup Service；PANDORA；QuickGO at EBI；TAIR Keyword Browser；Tk-GO； 3.注释工具：grofiler；GeneTools；GOanna；GoAnnotator；GOCat；GoFigure；GoPubMed；GOtcha；HT-GO-FAT；InGOt；InterProScan；JAFA；Manatee；PubSearch； 4.用于基因表达/芯片分析的工具：Avadis；BiNGO；CLENCH；DAVID；EASE；eGOnv2.0；ermineJ；FatiGO；FIVA；FuncAssociate；FuncExpression；FunCluster；FunNet；GSESAME；GARBAN；GENECODIS；GeneMerge；GFINDer；GOALIE；GOArray；GOdist ；GOHyperGAll；GoMiner and MatchMiner；GOstat；GoSurfer ；GO Term Finder；GOTM；GOToolBox；L2L；Machaon Clustering and Validation Environment；MAPPFinder；Onto-Compare；Onto-Design；Onto-Express；Onto-Miner；Onto-Translate；OntoGate；Ontologizer；Ontology Traverser；ProbeExplorer；ProfCom；SeqExpress；SerbGO；SOURCE；Spotfire Gene Ontology Advantage Application；STEM；T-Profiler；THEA； 5.其它工具：APID；Blast2GO；Db for Dummies；Flash GViewer；FunSpec；FuSSiMeG；Generic GO Term Mapper；Genes2Diseases；GO Slim Mapper；GO Terms Classification Counter；GOBU；GOChase；GOProfiler；GORetriever；GOSlimViewer；ProteInOn；TXTGate；Wandora；WEGO；Whatizit。 注：学习资料来源Gene Ontology翻译及网页资料总结 |
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