你是否曾遇到这样的问题,老板让你研究一个新的基因,你需要用到这个基因的质粒,可是实验室没有师兄师姐研究过,所以光靠换载体这点技能已经不足以让你构建出你所需要的质粒了,然而公司的报价特别高,一千两千还是便宜的,甚至还有报价上万的质粒,并且货期很长,老板催促你要结果,或者不愿意花那么多钱给你买质粒,这时候你该怎么办?今天教的这一招,你以后都可以自己动手从零开始构建质粒啦。 构建质粒,最重要的是两样东西,一个是这个基因的CDS片段,另一个是空载,对于常做分子克隆的实验室,空载是肯定有的啦,没有的话去隔壁实验室借一点也是没问题的,所以问题的重心就是CDS片段怎么来!! RNA大家都提取过吧,做QPCR之前要先从处理过的细胞中提取RNA,然后逆转录成CDNA。想到了吧,我们的CDS片段就可以从这一堆CDNA里挑出来,我们用来构建质粒的CDNA与用来做QPCR的CDNA唯一的不同在于,我们逆转录用的酶不一样,在这里给大家推荐一款: 全式金的AT321 TransScriptTM II All-in-One First-Strand cDNASynthesis SuperMix for PCR 用你手上有的细胞提取RNA,接着用此酶进行逆转录获得CDNA,之后就可以用这个CDNA作为模板来进行后面的实验了。有时候可能在某个细胞株中你所需要的基因恰好是有突变的,这时候你可以换个细胞株试试,也可以尝试把突变的地方再突变回来。 接着我们以KLF4基因为例来构建质粒: 1、首先在PUBMED中找到KLF4的CDS序列,在GENE中搜索KLF4,选择HOMO,点击进入 2、进入下面这个页面之后,一直往下拉, 3、拉到这个位置,选择自己需要的转录本,在这里我选择第一个,点击进入 4、页面如下,往下拉,看见CDS,点击CDS可以使此基因的CDS序列显示为高亮文本,如图 5、为了可以完整的把CDS序列P出来,所以我们的引物应该设计在高亮文本以外的区域,打开Primer-BLAST来设计引物 6、将刚才查到的所有的序列复制粘贴入输入框中,输入引物的范围,产物的大小,最小为CDS的长度,最大为贴入这段序列的长度 7、点击GET Primers 8、挑选一对副产物少的引物就好了 9、引物合成后,就可以以CDNA为模板P出你想要的片段了。PCR结束之后跑DNA胶,看产物大小是否正确,若正确,进行切胶回收,便可进行下一轮的PCR。 10、第二次PCR使用的引物设计方法就跟换载体那种构建质粒的方法一样啦(同源重组法或者T4连接法都可以),不同的地方是,换载体的时候,我们使用的模板是已有我们基因序列的质粒,在这里我们使用的是第九步中的PCR产物。 11、在第十步中得到的PCR产物切胶回收后,再与酶切好的载体连接,之后做转化,长出克隆后进行测序,测序成功之后就大功告成了。 策到这,相信大家已经掌握这项新技能了吧!赶紧试一试,然后发家致富吧! |
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