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12世纪中叶，中国北方处在金朝的统治之下，北方大漠草原各部各自独立，金朝对各部落实行“分而治之”和残酷的“减丁”政策。蒙古各部数次组织反抗斗争，几代人为此付出鲜血和生命。1162年，在这样环境的草原上，诞生了一代天骄，铁木真。
铁木真的父亲是蒙古乞颜部的首领也速该，1161年，也速该打败了蔑儿乞部，抢来了诃额仑夫人，1162年，诃额仑夫人生下了铁木真，铁木真9岁时，父亲被塔塔儿人毒死，铁木真母子被逐出了乞颜部，过了数年艰难的生活，几年后，铁木真投靠札木合，跟随札木合时，铁木真不断笼络人心，招揽人马，后来脱离札木合，建立自己的部落，1180年，铁木真因夺妻之仇与蔑儿乞部开战，打败了蔑儿乞部。1184年，铁木真被推举为乞颜部的可汗。铁木真称汗后，引起了札木合的忌恨，纠合了十三个部族向铁木真发动进攻，铁木真分兵十三翼迎战，结果战败，史称“十三翼之战”。因铁木真善于笼络人心，虽然战败，札木合部众纷纷叛附铁木真部，力量反而壮大。1196年，与克烈部王汗一同出兵助金，打败了塔塔儿人，报了父仇，并被金朝封为察兀忽鲁（部首领）一职。后与王汗出兵乃蛮部，在王汗大败时出手相救，之后逐渐摆脱了对王汗的臣属地位。1201年，与王汗联兵，大胜札木合联盟，1202年，消灭了塔塔儿四部，占领了呼伦贝尔高原，1203年，王汗对铁木真发起攻击，不久，铁木真偷袭王汗大帐，克烈部亡，同年汪古部归附。1204年，铁木真消灭了乃蛮部太阳汗，统一了草原。
1206年，铁木真在斡难河召开忽里台大会，即蒙古国大汗位，号成吉思汗。1205年到1209年，成吉思汗三次出兵西夏，西夏纳女请和。1211年，南下攻金，1215年，占领金朝中都。1218年，灭西辽。1219年，成吉思汗率军20万西征花剌子模，1224获胜后回国，其间进行了历史上罕见的大屠杀与大破坏，给中亚带来了极大的灾难。1226年，西夏背盟，成吉思汗不顾64岁高龄，率兵出征，1227年西夏亡。1227年，成吉思汗在筹划攻金时病逝，年66岁，忽必烈建立元朝时，被追封为元太祖。
成吉思汗死后，第四子拖雷（元睿宗）监国，1229年，忽里台大会上，成吉思汗第三子窝阔台即大汗位，史称元太宗，在位12年。1230年，窝阔台兵分三路伐金，1234年，联合南宋攻下蔡州，金哀宗自缢，金朝灭亡。金亡后，蒙宋接壤，开始了与南宋长达45年的争战。东线，高丽臣服，西线，攻下波斯（今伊朗南部）及现波兰和匈牙利全境。
1241年，窝阔台突然暴毙，之后皇后乃马真称制掌政，1246年，乃马真会集诸王，奉太宗窝阔台长子贵由为大汗，史称元定宗。贵由即位时年已41岁，但政权仍在乃马真之手，不久，乃马真病死，贵由开始整顿朝政，杀死其母宠信的官员和女巫，起用被罢免的官员，1248年，贵由在密谋出征察合台汗国是突然病死。
贵由死后，朝内斗争激烈，以至三年国内无君，直到1251年，托雷的长子，蒙哥被推举为大汗，史称元宪宗。蒙哥即位后，平息三王之乱，处决了为乱诸王七十余人，加强了内部的法制。1252，命其弟忽必烈经甘肃、四川至云南，从背后攻打南宋，次年，忽必烈灭大理，降吐蕃。同年又命其弟旭烈兀西征，灭木剌夷、阿拉伯帝国。1258年，为灭南宋，亲率大军入四川，1259年，在合州中流矢而死。
1259年，忽必烈率军攻打南宋鄂州时，得知蒙哥汗死讯，立刻北还，争夺汗位。1260年，忽必烈在开平称汗，同年其幼弟阿里不哥在和林称汗。1264年，忽必烈打败阿里不哥，迁都燕京（现北京），改名大都，1271年定国号为元，1278年，灭南宋，又对周边小国进行攻伐（其中三次进攻日本均以失败告终）。忽必烈虽然在与阿里不哥争汗位时获胜，却因违背大汗的选举传统和行汉法治国的主张导致中央汗国之外的四大汗国（金帐汗国，察合台汗国，窝阔台汗国和伊儿汗国）脱离了统治范围，所以元朝的统治范围只包括中原地区，西藏和蒙古。忽必烈在位35年，1294年病逝，庙号世祖。
1294年，忽必烈之后，因太子真金早死，太子之子特穆尔即皇帝位，庙号元成宗。元成宗即位后，停止对外战争，整顿国内军政，限制诸王势力，减免赋税，新编律令。国内稳定之后，出兵征讨西北叛王，使西北动乱的局面稍有改观。曾发兵征讨八百媳妇，引起云贵地区动乱，晚年委任皇后管理政务，朝政渐衰落。
1307年，成宗特穆尔死后，真金之孙，成宗之侄孛儿只斤.海山继位，在位四年，史称元武宗。武宗在位时期，元朝内部矛盾缓和，国力强大。1311年，武宗病逝于玉德殿。同年其弟爱育黎拔力八达继皇帝位，史称元仁宗。仁宗即位后，一改武宗时的各种政策，并开科取士，下令蒙古、色目人学习汉学经典，尊崇朱熹之学，处于社会底层的汉族士人有了正常的晋身途径，民族矛盾有所缓和。1321年仁宗去世，仁宗长子，17岁的硕迪八拉即帝位，史称元英宗。英宗在位三年，期间广泛起用汉族官员，精简机构，节制财用，颁行《大元通制》，加强法制。1323年，英宗于上都南坡店被仁宗废掉的权臣铁木迭儿余党刺杀，年仅21岁。
1323年，英宗被刺身死，真金之孙，晋王之子也孙铁木尔闻讯后称帝，是为泰定帝。1325年，泰定帝下令不允许汉人收藏和携带兵器，并将全国划为18个道。泰定帝年间，中原多处发生水灾和地震，少数民族地区经常发生反抗元朝统治的暴乱，但都被平定。1328年，泰定帝去世后，元朝枢密院知事弱贴木儿在大都拥立武宗之子图睦贴木儿即位，是为元文宗。同年7月，丞相倒剌沙在上都将9岁的泰定帝之子阿速吉八拥立为帝，即天顺帝。8月，文宗派兵进攻上都天顺朝廷，倒剌沙战败而亡，阿速吉八下落不明，只做了1个月的皇上。
图睦贴木儿是武宗海山次子，即位后，立刻攻占下天顺帝所在的上都，接着又平定四川、云南的叛乱。1329年，武宗长子和世瓎在和林北即帝位，是为明宗。已逊位的图睦贴木儿趁明宗南行时，伺机将其毒死，当八月，图睦贴木儿复于上都即位，改元天历，史称天历之变。文宗（即图睦贴木儿）重视文治，编修了《经世大典》，崇尚佛教，但因过于削弱色目人的势力，导致贵族集团内部矛盾日益尖锐。文宗于1332年，病死，年29岁。
文宗临终时为洗刷他毒死兄长（元明宗）的罪行，下诏让明宗之子懿璘质班继承皇位，1332年10月，懿璘质班即位，是为元宁宗，宁宗在位43天就死去，死时年仅7岁。宁宗死后一年，1333年，明宗长子，宁宗之兄妥欢帖睦尔即帝位，史称元惠宗，又称元顺帝。顺帝即位是年仅14岁，朝政由右丞相伯颜把持，伯颜采取排挤汉人的政策，加深了蒙汉之间的矛盾，也导致顺帝对伯颜的不满。后来在脱脱的帮助下，顺帝废黜了伯颜，控制了朝政。1343年，顺帝下令丞相脱脱编修辽史、金史、宋史。1350年，国内发生通货膨胀，黄河泛滥，顺帝下令加重徭役。1351年发生红巾军起义，红义军势力渐大，朝中又出现皇帝与皇太子的明争暗斗，在外的将领也渐不服从指挥，这一切给了南方的朱元璋以巩固地位的机会，朱元璋在平定张士诚和陈友谅之后，于1368年建立明朝，同年明朝大将徐达率军逼近大都，元顺帝北逃，两次出兵收复大都被明军打败，于1370年病逝于应昌（今内蒙克什克腾旗境内）。
1368年之后，元朝被逐出中原，又传了六帝，史称北元。元顺帝之后，是其子爱猷识理答腊继位，早在爱猷识理答腊被封为太子之后，就试图夺取帝位，与顺帝关系紧张，1364年，爱猷识理答腊被政敌孛罗赶出大都，流亡到王保保（扩廓帖木儿）所在的太原，准备反攻孛罗，同时顺帝对孛罗的专政不满，派人将其刺死，将人头送到太原，召回了爱猷识理答腊，与其和解。1368年，徐达攻克大都，爱猷识理答腊与顺帝逃到上都，顺帝死后，1370年，他在和林继承了皇位，史称元昭宗。1372年，徐达率军攻向和林，由于后援不继，明军战败撤退。1378年，元昭宗去世，其子脱古思帖木儿继位，史称元益宗。1388年，明朝大将蓝玉率军10万深入蒙古草原，在贝加尔湖南岸大败脱古思帖木儿的军队，三千官员和七万军士被俘，脱古思帖木儿逃走后被其部将所杀。这一次战败使蒙古各部不再服从成吉思汗子孙的黄金家族统治，纷纷脱离而独立，北元又传承了三帝，思克卓里图（1389-1392）、额勒伯克（1393-1399）、坤贴木儿（1400-1402），直到乞儿吉斯部首领鬼力赤取得统治各部的霸权，北元政权彻底灭亡。
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