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今天是第687期日报。 Cell：菌群研究的机遇与挑战Cell[IF:30.41] ① 菌群研究一度被忽略和搁置，但目前是炙手可热的研究领域；② 需警惕菌群研究相关的炒作，尤其是夸大益生菌的作用或是滥用菌群关联性的研究结果；③ 在健康人群中推广菌群测序，可为后续研究、疾病诊断和治疗提供重要参考；④ 利用APP有助于完成科研成果与公众认知的对接，但要谨防结论过简化导致的科学性丧失；⑤ 基于人群的菌群研究，需要考虑社会学影响因素；⑥ 菌群研究目前仍然处于探索阶段，基于菌群操纵的治疗方法还不明确。 Microbiome Research in a Social World 03-08 DOI: 10.1016/j.cell.2018.02.039 Cell：从相关性研究到靶向调节菌群（综述）Cell[IF:30.41] ① 靶向调控菌群，首先需通过分类群及功能鉴定，了解菌群各组分的结构与功能；② 并利用宏基因组关联性研究鉴定重要的共同变化因素，纵向研究分析菌群的内在动态；③ 最后进行扰动实验，分析菌群互作，以理解菌群的综合功能；④ 一些重要方法学进展：多组学分析、菌群定量分析、体外微流控技术、分类学宽度及分辨率的扩展；⑤ 分类学及功能分辨率的提高、人群-队列-分层队列-个体、体外-原位-体内-自然环境，多角度共同进展促进人体肠道菌群研究。 The Human Gut Microbiome: From Association to Modulation 03-08 DOI: 10.1016/j.cell.2018.02.044 Cell: 共生菌群通过不断演化适应宿主及环境 （综述）Cell[IF:30.41] ① 人体共生菌群基因的演化和交换在菌株、菌群和生境水平上同时发生，从而适应生物性和非生物性的筛选压力；② 菌株水平，通过单核苷酸多态性差异、基因转座和拷贝数变化，保留有利突变表型，适应宿主和筛选压力；③ 菌群水平，菌株之间通过水平基因转移获适应性；④ 生境水平，人体共生菌群是开放系统，在外源微生物入侵时可从其他生境中获得新基因；⑤ 从菌株水平研究共生菌在宿主内的适应性演化，对菌群干涉、个性化疾病治疗等具有重要意义。 Multiscale Evolutionary Dynamics of Host-Associated Microbiomes 03-08 DOI: 10.1016/j.cell.2018.02.015 Cell：消失的微生物——原因、后果和应对Cell[IF:30.41] ① 菌群与人一生的健康密切相关；② 随着医学进步，有些微生物在菌群的代间传递中逐渐消失，现代人体菌群多样性不断下降；③ 肠道菌群影响早期发育：调节能量获取与免疫间的平衡，经不同途径作用于多种组织器官；④ 抗生素等药物、饮食和食品添加剂等可扰动菌群，可能导致严重后果：耐药菌传播、代谢/免疫相关的儿童和成年疾病、削弱对传染病的抵抗力；⑤ 开发窄谱抗生素、从传统社会获取原始菌群、补充益生元等方法，或能帮助恢复菌群多样性。 The Past and Future Biology of the Human Microbiome in an Age of Extinctions 03-08 DOI: 10.1016/j.cell.2018.02.040 Cell: 在全球范围提倡接种HPV疫苗Cell[IF:30.41] ① 继2006年首款HPV疫苗Gardasil后，2014年美国FDA批准了Gardasil9，可预防90%宫颈癌，有望在多国推广；② HPV疫苗的安全性已被广泛认可；③ 因文化、政策等因素，各地区HPV疫苗接种情况差异显著，地球南部发展水平低的国家接种情况较差，却是相关癌症重灾区；④ 提倡青少年接种HPV疫苗，并建议将其纳入儿童和学校免费接种项目；⑤ 各国政府加强健康教育，提供稳定的财政和政策支持，加大疫苗安全性和有效性研究，提高全球HPV疫苗接种覆盖率。 No Vacillation on HPV Vaccination 03-08 DOI: 10.1016/j.cell.2018.02.045 Cell：增强细菌代谢，靶向致病菌的抗生素耐受性（综述）Cell[IF:30.41] ① 通过增强细菌呼吸/代谢的手段，将抗生素耐受性致病菌转变为抗生素敏感状态，是对抗抗生素耐药性的一种潜在方法；② 添加葡萄糖及延胡索酸盐，可促进喹诺酮耐受性大肠杆菌的呼吸代谢，使其对喹诺酮类抗生素重新敏感；③ 添加果糖或延胡索酸盐，可分别增加金黄色葡萄球菌及绿脓杆菌的质子动力，从而增加两种细菌对氨基糖苷类抗生素的摄取；④ 利用青蒿素抑制DosRST调节子诱导下的结核分枝杆菌的休眠状态，可恢复异烟肼对结核分枝杆菌的疗效。 Targeting Antibiotic Tolerance, Pathogen by Pathogen 03-08 DOI: 10.1016/j.cell.2018.01.037 Cell：植物在土壤中留给后代的“遗产”——根系菌群Cell[IF:30.41] ① 植物依赖于根系菌群以摄取营养及抵抗压力；② 在压力下，植物可通过调节根系分泌物直接缓解压力（例如改善对土壤营养物质的利用率）；③ 也可通过分泌刺激性及选择性代谢产物，调节根系菌群，促进具有植物所需功能的菌群生长；④ 根系菌群同时受到植物激素（例如水杨酸及茉莉酸）的调节；⑤ 根系分泌物与植物激素促进的植物益生菌群在帮助植物摄取养分和水，协助植物抵抗入侵的病原体的同时，可留存于土壤中，成为给下一代植物的“遗产”。 The Soil-Borne Legacy 03-08 DOI: 10.1016/j.cell.2018.02.024 Cell：噬菌体生物学的新进展（综述）Cell[IF:30.41] ① 基因组学、高分辨率显微技术、非模型噬菌体等的研究进展，拓展了对噬菌体的认知；② 宏基因组学揭示出多种环境中噬菌体的高丰度和多样性，噬菌体组在肠道中普遍存在；③ 多种机制决定了噬菌体感染细菌后的裂解-溶原性，如通过六肽决定因子 arbitrium在噬菌体间“沟通”等，原噬菌体也可作为分子开关；④ 噬菌体对抗细菌防御的策略：DGR系统带来的多样化噬菌体尾丝尖端，抗CRISPR蛋白；⑤ 有些噬菌体携带抗其他噬菌体的CRISPR-Cas系统。 Contemporary Phage Biology: From Classic Models to New Insights 03-08 DOI: 10.1016/j.cell.2017.10.045 感谢本期日报的创作者：小肠君，沈志勋，mildbreeze，this little piggy，花开 |
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