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互作转录组可研究两个物种或多个物种的相互作用机制，也就是说利用该研究方法，我们不仅可以得到宿主防御病原菌机制，也可以研究病原菌如何侵染宿主。关于病原菌如何导致宿主患病和宿主如何防御病原菌入侵，一直以来就是生物学研究的重要内容，因此在很长的研究历程中，就有了各种宿主病原体相关的数据库，本次就为大家介绍一下研究中可能会用到的数据库。 Tips
地址：http://www./ 简介 该数据库收录的主要是被实验证实具有毒力和效应基因的细菌、卵菌、真菌，宿主则包括了动物、植物和真菌。同时数据库还囊括了与FRAC合作得到的一些抗真菌化合物数据。该数据库的特点是每个条目都有明显的实验证明，同时为了方便数据与其他数据库互通检索还囊括了Uniprot, GO, EC等相关编号。 该数据库检索也存在两种方法，一种是序列比对，通过进入界面中的”BLAST”进入，然后输入相关的序列进行比对检索。另一种是通过search搜索框检索。 这里软件主要通过以下四种关键词检索： GENE NAME 基因名 例如NIP2、TalC等 HOST SPECIES 宿主 例如HUMAN、RICE等 PATHOGEN SPECIES 病原菌 例如 Fusarium graminearum、Pseudomonas aeruginosa等 DISEASE NAME 疾病名 例如 Tumors、Bacterial leaf streak等 当然由于数据库中的关联信息多，搜索也不仅限于以上内容例如大家在搜索注释“GO: 0009405”时也会得到相应的结果，如下，可以看到对于一个检索结果会得到相关的基因、表型、病原体等相关信息和分类。 地址:http://virusmentha./ 简介 这是一个针对病毒-病毒，病毒-宿主相互作用的数据库，建立在IMEx协议上。数据来源于发表的文献，由人工整合收集而成，并且整合收录了MINT 、IntAct、DIP 、MatrixD B 、BioGrid等几个库中的病毒相关数据。该数据库每周定期自动更新。对数据的检索只能通过搜索框中输入基因ID、关键词等信息检索。 值得注意的是在使用时可以使用宿主和病毒家族信息进行筛选，目前该数据库收录宿主包扩Arabidopsis thaliana(拟南芥)、Caenorhabditis elegans(线虫)、Droso-phila melanogaste(果蝇)、Escherichia coli K-12(大肠杆菌K-12)、Homo sapiens(人)、Mus musculus(小鼠)、 Rattus norvegicus(大鼠)、Saccharomyces cerevisiae S288c(酵母)；收录的病毒家族包括Baculoviridae(杆状病毒)、 Hepadnaviridae(肝炎病毒)、Herpesviridae(疱疹病毒)等25个病毒科。 地址：http://virhostnet./ 简介 也是一个针对病毒宿主互作的数据库，值得注意的是该数据初期以人的相关病原体为主，虽然在后期的版本加入了其它物种的信息，但仅是其中很少的一部分。 数据库的搜索方法包括关键检索和序列搜索，序列搜索依然可以点击BLAST标签然后输入序列获得，关键词则可以搜索相关的Protein(蛋白)、Domain(功能域)、Path-way(通路)、Taxonomy(物种分类)、Publication(文献)获得。 地址：http://biotech./ehfpi 简介 病原体感染的必要宿主因子（EHF）数据库，该数据库主要收集通过RNA 干扰实验（RNAi）验证的宿主细胞基因。与其它数据库最大的不同是，这些基因的干扰极大地影响病原体的感染，但不影响宿主细胞的生存能力，因此被称为病原体的必要宿主因子（EHF）。 目前，数据库共收集了4634个EHF基因，宿主只包括果蝇和人类，病原体包括25种临床重要的病原体类型。 该数据库的检索方式只支持搜索框检索，包括Quick 和Advanced search。 搜索内容则包括 Gene/Gene Product ：基因名或基因ID编号 Pathogen：病原体或所在物种分类 Publication： 文献相关PUBMED编号 EHFPI Acc：EHFPI 数据库编号 关于病原菌与宿主互作的数据库有很多，本次为大家介绍的是一些收录物种较多，用途广泛的数据库。 其中HPIDB2和PHI-base是两个收录物种最为齐全的库，不论大家研究的是什么物种都可以在这两个数据库中检索。 VirusMentha、VirHostnet是两个关于病毒与宿主互作的数据库，如果研究对象是病毒的话，这两个库是不错的选择。 EHFPI是关于必要宿主因子的数据库，如果对病原菌感染过程中宿主关键作用基因可以尝试使用该库。 数据库中HPIDB2、PHI-base和VirHostnet都提供了在线比对(Blast)的方法，如果研究的是一些非常见物种，可以使用相关序列进行搜索，查找近源物种相关互作基因。 当然还有一些专业的数据库，例如专门收录HIV与人类互作(https://www.ncbi. nlm.nih.gov/genome/viruses /retroviruses/hiv-1/interactions/)、专门收录Ralstonia solanacearum与拟南芥互作的数据库(http://u .edu.cn /ppira/)等，在这里就不为大家一一介绍了。
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参考文献 【1】Aranda, B. et al. (2011) 'PSICQUIC and PSISCORE: accessing and scoring molecular interactions.'Nat Meth 8 2010; 528-529. doi:10.1038/nmeth.1637. 【2】Stark C, Breitkreutz BJ, Chatr-Aryamontri A, Boucher L, Oughtred R, Livstone MS, Nixon J, Van Auken K, Wang X, Shi X, Reguly T, Rust JM, Winter A, Dolinski K, Tyers M (2011) 'The BioGRID Interaction Database: 2011 update.' Nucleic Acids Res. 2011 Jan; 39(Database issue):D698-704. 【3】Ceol A, Chatr Aryamontri A, Licata L, Peluso D, Briganti L, Perfetto L, Castagnoli L, Cesareni G (2010) 'MINT, the molecular interaction database: 2009 update.' Nucleic Acids Res. 2010 Jan; 38(Database issue):D532-9. 【4】Xenarios, I; Salwinski, L; Duan, XJ; Higney, P; Kim, SM; Eisenberg, D (2002) 'DIP, the Database of Interacting Proteins: a research tool for studying cellular networks of protein interactions.' Nucleic Acids Research 30 (1): 303-5. [DOI] [PMC] [DIP] 【5】Breuer et al (2013) 'InnateDB: systems biology of innate immunity and beyond - recent updates and continuing curation.' Nucl. Acids Res. 2013; 41 (D1).[Nucl. Acid Res.] [InnateDB] 【6】Liu, Y., Xie, D., Han, L., Bai, H., Li, F., Wang, S. and Bo, X. (2015) EHFPI: a database and analysis resource of essential host factors for pathogenic infection. Nucleic Acids Res, 43, D946-955. |
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