水质指标主要包括透明度、盐度、酸碱度、溶解氧、氨氮、硫化氢、亚硝酸盐、重金属离子含量等。 较为理想的水质指标如下： 透明度：前期20厘米-30厘米，中期30厘米-40厘米，后期40厘米-60厘米 酸碱度（pH值）：8.2-8.6 溶解氧（Do）：高于4毫克/升 氨氮：低于0.1毫克/升 硫化氢（H2S）：低于0.03毫克/升 亚硝酸盐：低于0.05毫克/升 重金属离子：汞0.0005毫克/升，铜0.01毫克/升，铅0.05毫克/升，钾0.005毫克/升。
良好的水色要达到“肥、活、嫩、爽”。 （1）肥--------有一定的透明度（30cm-40cm)； （2）活--------早上清淡一些，下午较浓一些，浮游动植物达到平衡； （3）嫩--------藻类生长旺盛，水色呈现亮泽，不发暗； （4）爽--------指水中悬浮或溶解的有机物较少，水不发粘。
亚硝酸盐属氧化性毒物，吸入后，使血红蛋白失去正常的携氧与释氧功能，引起全身组织缺氧。亚硝酸盐来源于含氮有机物的厌氧微生物作用或水体中氨的平衡，是水体中氮循环的一个阶段，水体中氮循环的一个阶段，水体中的亚硝酸盐偏高会使水产动物中毒，鳃丝紫红色，引起“死底症”、“偷死症”、“冒底”、“浮头”等症。 解决办法： 1）换水10-20cm； 2）亚硝速降（降硝先锋）+生态宝（养水专家、超浓缩光合细菌、EM菌原粉或超浓缩芽孢杆菌等）全池泼洒。 亚硝酸盐中毒解救： 1）换水10-20cm； 2）泼洒神水或高温应激解毒安； 3）水质保护解毒剂或偷死救星全池泼洒，同时开动增氧机，泼洒活水氧。
氨氮主要来源于含氮有机物的分解所产生、含氮化合物反硝化还原、水生动物的排泄物、无机氮肥等。在对虾养殖过程中，虾池中的氨氮含量不能超过0.5毫克/升，否则会抑制虾的生长，严重者会造成虾中毒死亡。 氨氮的调控和降解：尽量少用无机肥，提倡使用微生物有机肥料肥水。把握饵料投喂量，防止水质过浓导致浮游植物大量繁殖，促使PH值升高，从而加剧氨氮毒性；定期使用微生物制剂如生态宝(养生专家、超浓缩光和细菌、EM菌原粉）调节水质；保持水中充足的溶解氧；加大换水量；提高排污效果，如虾池没有中央排污系统，定期使用底质清、底爽 或生物营养促长改底等微生物底质改良剂。
在水产养殖过程中，养殖水体所含的硫化氢要求控制在0.2mg/L以内，否则就会造成硫化氢中毒，遇硫化氢超标，使用生石灰6--8公斤/亩将PH调至8.2--9之间，开足增氧机，提高底层水的溶解氧水平，防止有机物在池底的大量积累；将底质清+生态宝浸泡三小时全池泼洒。 如水源本身就有亚硝酸盐或亚硝酸盐、氨、硫化氢过高难以调降时，可以定期（5--7天使用一次）全池泼洒绿水王+高温VC以控制亚硝酸盐、氨氮、硫化氢的毒性，以确保水产动物健康生长。
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