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UCSC Xena是由加州大学圣克鲁兹分校(University Of Cingifornia Sisha Cruz，UCSC)维护的数据库，前身是癌症基因组浏览器Cancer Browser https://genome-cancer./， Cancer Browser目前已经不再更新，收录的TCGA数据基本停留在2015-02-24的版本，如下： 官方推荐使用UCSC Xena http://xena./ 主页很小清新，该工具收录了包含TCGA、ICGC、TARGET等多个数据库的公共数据，并对数据进行了标准化的处理，使其更易于后续分析，Xena本身也提供了数据分析功能。 进入TCGA数据下载板块： 对于TCGA，目前提供39组，共计829个数据集，包括类似COADREAD这种组合数据： 以COAD为例 https:///datapages/?cohort=TCGA%20Colon%20Cancer%20(COAD) 包含拷贝数、甲基化、基因表达、蛋白表达、突变等多个层面的数据，以miRNA表达数据为例： 可见提供分平台的成熟体miRNA表达值，Hiseq的样本量相对于GA要更多： https:///datapages/?dataset=TCGA.COAD.sampleMap/miRNA_HiSeq_gene&host=https://tcga. 点击上示表达值下载路径即可进行数据下载，解压后miRNA_HiSeq_gene格式如下： 对于数据中存在的大量NA，即表示没有reads比对到该成熟体miRNA上，故将其设置为0即可！ 总结一下 优点：Xena操作简单，下载方便，可以下载到较新的TCGA数据； 缺点：无法下载到read count值； |
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