今天开始连载的第一大神器--MCODE,在庞大基因(蛋白)网络中进行聚类构建功能模块

主要作用是在庞大基因(蛋白)网络中进行聚类构建功能模块。1063次的引用,足以证明其重要性。
 
图E、F、G(*doi:10.3390/ijms18091898*)便是通过MCODE在D网络中聚类构建出的模块。原理(不愿意看原理,可以跳过) MCODE是通过对网络图中的各个节点的计算节点信息 包括自身在内的邻居接点子图neighbors及其密度density,以该点为种子节点所能扩展出的最大k值的K-core,其k值水平coreLevel,此K-Core的密度coreDensity以及该节点的score值。节点的score值反映了该节点及周边节点的密集程度。然后再从score值最大的节点开始,调用getClusterCore()方法,以此节点为种子节点开始扩展,逐步加入符合参数条件的邻接节点。最后根据参数要求作一些后续处理,得出最终的功能模块。
Cytoscape最方便的地方在于它有很多的插件,这些插件可以通过官网上下载(App),导入cytoscape,也可以直接在cytoscape上下载(App manager) 那怎么运用MCODE了,我们先在cytoscape安装好MCODE,打开一个基因网络。 
一般选择in whole network,我们也可以选择我们感兴趣的区域 from selection。在advanced option里调整K-Core,我个人的理解是K值越大,模块数量会变少,而核心节点所处的子网络结构也越不容易受损,能看出核心模块及节点。然后点击analyze current network。 
右边MCODE Result窗口出现模块结果,出现了13个模块,基本是按score值排序,点击我们感兴趣的模块,然后点击create cluster network,就能够把这个模块显示出来然后予以保存。  感兴趣的模块内基因我们也可以进一步左GO,Pathway分析。
今天就到这,如果大家有感兴趣的插件及学习心得可以联系我们。
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