动不动就发 30 分的文章，原来他们是这样研究单细胞的

昵称32772025 2018-04-13

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10x 单细胞转录组

细胞异质性（heterogeneity）：同一类型细胞中可以存在很多不同的基因型或者亚型的细胞，因此同一种类型细胞在不同的个体甚至同一个体中存在分子生物学、表型、功能等方面的特性和差异。异质性存在于生殖细胞、胚胎细胞、神经细胞、免疫细胞、干细胞、肿瘤细胞等细胞中，这一特征使得单细胞测序研究具有重要意义，所谓的单细胞测序（single cell sequencing，SCS）是指对单个细胞进行 DNA 或 RNA 测序，在此我们主要介绍 10x Genomics Chromium™ 平台单细胞 3’端转录组测序的研究应用。

10x 单细胞转录组的技术优势

10x Genomics 的技术核心是利用微流控芯片对细胞进行精确区分，保证每个小反应体系（Gel Bead in Emulsion，GEM）中仅包裹单个细胞。

技术优势

不需要微量扩增，降低假阳性率；
真正的单细胞水平测序，Doublet rate：0.9%/1 000 个细胞；
灵活的获取量，可一次性对100～80 000个细胞建库，提高效率；
7 分钟之内即可完成单细胞体系制备，捕获效率高达 65％；
广泛的研究应用领域，超短的项目周期。

10x 单细胞转录组测序应用成果

从 2016 年底至今，10x Genomics Chromium™ 单细胞 3’端转录组测序在单细胞研究领域硕果累累，先后发表了 40 余篇高影响因子文章，其中不乏 Nature、Cell 等顶级期刊。研究细胞涵盖 PBMC、神经、小肠等多种类型，研究方向主要涉及构建细胞图谱、发育分化、癌症和免疫研究等。

（点击查看大图）

已发表 10x 单细胞转录组文章（影响因子分布＆文章类型）

适用研究领域

发育及分化
新型细胞发现
构建细胞图谱
细胞异质性研究
免疫反应
定点编辑基因的细胞水平研究

适用细胞类型

生殖细胞、胚胎细胞、神经细胞、免疫细胞、肿瘤细胞、干细胞、其他原代细胞

样品要求

样本类型：动物细胞 - 单细胞悬液；植物细胞 - 原生质体。
细胞状态：
细胞直径＜30 μm；
细胞活性＞90%；
细胞浓度 5×10⁵~1.2×10⁶/ml；
不含 Ca² 和 Mg²。
细胞数目：
上门提取：≥ 1×10⁵ cells/sample；
样本寄送：≥ 2×10⁵cells/sample。
保存运输：为了减少运输过程及反复冻融对细胞造成的损伤，晶能提供上门服务！

10x 单细胞 V(D)J

免疫是人类和脊椎动物最重要的防御机制，在暴露于外来抗原后产生特异性抗体，其特异性和免疫系统多样性的决定因素取决于 T/B 淋巴细胞的 V(D)J 重组、重组过程中核苷酸随机插入 / 缺失以及体细胞超突变，形成多样化的免疫球蛋白库以微调与抗原的相互作用。免疫系统在自身免疫疾病、传染病、癌症等多种疾病中扮演者至关重要的角色，也正因此免疫组库测序一直是多方领域的研究重点，即以 T/B 淋巴细胞为研究目标，对其产生的多样化免疫分子例如膜型免疫分子 BCR 和 TCR、分泌型免疫分子抗体等进行测序研究。

新技术 10x 单细胞 V(D)J 的优势

传统免疫组库测序利用的是多重 PCR 或 5’RACE 方法，但都存在一定的局限性，如多重 PCR 法扩增范围局限在 CDR3 区、5'RACE 法只能获得单链全长信息等。10x Genomics 单细胞 V(D)J 技术的到来打破了传统免疫组库测序的局限，该技术核心是利用微流控芯片制备单细胞体系，并利用 5' 端接头的通用引物和免疫分子恒定区的巢式引物进行 V(D)J 富集。

技术优势