新中国成立后，人民政府立即着手组建海洋研究机构。
一九五〇年八月，中国科学院水生生物研究所在青岛成立海洋生物研究室，由著名海洋生物学家童第周任主任。这是我国最早的海洋研究机构。
一九五二年，原厦门大学海洋系迁往青岛，成立山东大学海洋系，设置物理海洋专业，开展本专业的教育和研究工作。
除了上述机构外，三年经济恢复时期建立的气象、水产、海运、地质等研究机构内，也有一部分海洋学的研究工作。
一九五三年至一九六六年期间，扩建和新建了一批海洋研究机构，主要有：
中国科学院海洋研究所（前身是中国科学院水生生物研究所海洋生物研究室扩建成的青岛海洋生物研究所）
中国科学院南海海洋研究所（原来是中国科学院海洋生物研究所的分所）
国家海洋局第一海洋研究所（前身是海军海洋研究所）
国家海洋局第二海洋研究所（一九六四年由原中国科学院华东分院浙江海洋工作站改建）
国家海洋局第三海洋研究所（一九六四年由原中国科学院华东分院海洋研究所改建）
国家海洋局东北海洋工作站（原是中国科学院东北分院海洋工作站）
国家海洋局海洋仪器研究所
国家海洋局海洋科技情报研究所
国家海洋局海洋水文气象预报总台
交通部塘沽新港洄淤研究站
山东海洋学院
广东海洋水产研究所
浙江海洋水产研究所等。
这些研究部门组成了我国海洋研究机构的工作系统。
