1942年4月，鲁中五地委和鲁南四地委合并为滨海地委，随后成立滨海军分区。1943年4月，滨海区党委成立，滨海区实行一元化领导，山东分局和山东军区决定撤销115师教导二旅、教导五旅和滨海军分区番号，成立滨海军区。
1943年，黄乎回到了山东滨海区，担任滨海军区卫生部部长，但是他还是坚持在临床一线做手术。“你当一个卫生部长啊，不会开刀不会看病，这个部长就不吃香了。”黄乎说，帮助救治附近的百姓也是他们工作的一部分。这段记忆，被黄乎记录在一个巴掌大的日记本上。1945年12月31日，黄乎在日记上写道：“今天是1945年的最后一天，新的任务又重头开始了。从护理工作的处理中可以看出，工作还是有偏差。”对于工作，黄乎记录得很详细，收了多少伤员，救治了多少病患，医院出生了几个新生儿，做手术用了多少血……都被他一一记录。
1948年11月，淮海战役在徐州打响，中国人民解放军华东、中原野战军，对国民党发动战略性进攻。这次战役是三大战役中歼敌数量最多、政治影响最大、战争样式最复杂的战役，同时，部队伤亡也是最多的。那段时间，黄乎已先后担任了军和兵团的卫生部长。老人回忆，那时候基本天天有战斗，一场大战下来就有上千个伤员，有时候病人多医生顾及不上，就简单处理后挂吊瓶靠生理盐水维持。每个军的后方都有一个手术队，临时病房并不安全，偶尔还遭到炮弹的袭击，但黄乎和他的同伴们没有停止救治。庞大的伤员数量对他们的技术是一个很大的考验，但黄乎和他的医疗队还是较好地完成了任务。
战时日记、八一勋章、独立自由勋章、解放勋章的授勋证书，八路军、新四军、中国人民解放军的臂章等黄乎多年珍藏的一些物品现分别被中央苏区（闽西）历史博物馆和上杭博物馆收藏。在中央苏区（闽西）历史博物馆中陈列的一把医用镊子是黄乎的老伙伴，这是当时从国民党那里缴获的军用物资，由德国制造，跟随黄乎经历了大大小小的战役，救治了无数伤员。
1951年春天，华东卫生部召开卫生防疫工作会议，制定了三年灭天花、控制白喉规划。一个月后，中央卫生部召开全国第一届卫生防疫工作会议，提出灭蚊，控制乙型脑炎。当时皖南、皖北尚未合并，华东卫生部考虑到安徽是华东六省一市唯一没有传染病防控管理检测设施机构的省份，于是决定拨专款建立“安徽省卫生试验所”。华东军政委员会卫生部开会决定调任黄乎为安徽卫生厅厅长。因为“三反”运动，1952年的春天黄乎才到任。
1954年，黄乎调离安徽。在安徽的两年时间，黄乎做了很多工作。在全国率先建立省卫生防疫站，对防治地方病，为安庆吸血虫病防治所和阜阳、宿县两地区黑热病防治站的建立起了积极的引导作用。在药品管理上，和商业厅协调配合，在省内明确卫生部门对医药公司、药厂的业务指导关系，为全省各级卫生部门对中西药品生产经营进行统一管理打下基础。安徽卫生厅的部下都十分敬佩黄乎，觉得他军人做派，没有官气。工作起来严肃认真，话不多但却讲一句是一句，平日却亲切热情，平易近人。
此后，黄乎到上海第二军医大学卫勤系念了4年书，1958年大学毕业后，调国家卫生部所属北京卫生干部进修学院任党委书记、副院长。1961年，来到中国医学科学院任党委副书记、副院长。
在部队待惯了的黄乎不喜欢坐在办公室，申请到四川医科院三线建设第一线，边指挥边和工人同劳动共甘苦；多次带领医疗队奔赴塞北、边疆，为那里缺医少药的人们送去党的关怀；和专家同行深入矿山现场、农村山寨，调研职业病、地方病情况；他经常下到基层科研院所了解情况，帮助解决科研人员在工作和生活中的困难；他还受国家卫生部的委托，连续几个月，奔赴也门、肯尼亚、坦桑尼亚、索马里等非洲国家，看望在那里的中国授外医疗队。
黄乎对自己一生的经历很自豪。他去从军，看似偶然，但也是历史的必然，虽然历经千辛万苦，但为了祖国的强大和人民的幸福，从不畏惧任何艰难险阻，从不动摇自己的信仰，始终战斗在医疗卫生第一线，为中国革命事业和卫生事业做出了重大贡献。
2016年9月6日，这位为中国医学事业奉献一生的“红色医生”离开了我们。虽然黄老走了，但他的音容笑貌和言谈话语仍在我们耳边回荡，他的革命精神和崇高品质将永远激励我们不忘初心，昂首前进！
