宏基因组：扩增子测序常用数据库整理与介绍

高六博 2018-04-25

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微生物扩增子测序是研究微生物组成的重要方法，且成本较低，是许多课题组的首要选择。扩增子测序数据分析最主要的一个材料就是扩增子数据库，用来与测序数据进行比对，并进行物种注释，主要收录了微生物的16S，18S个ITS序列信息。扩增子数据库版本较多，本期就对主流的扩增子数据库进行一个详细的整理和介绍，以便大家选择使用。

1. GreenGenes

网址：http://greengenes./

GreenGene是一个最经典的16S物种数据库，专门针对细菌、古菌16S rRNA基因。该数据库是基于人工整理，数据更加比较准确。分类上采用的是通用的界门纲目科属种七级，方便使用者理解和阅读。可惜的是，该数据库很久未更新了，目前的最新版本还是2013年更新的。但是很多实验室还是热衷于用该数据库进行注释，而且PICRUST、QIIME等诸多工具也是基于该数据库设计的。

2. SILVA

网址：https://www./

SILVA数据库是收纳细菌、古菌和真核微生物的rRNA基因序列的综合数据库，该数据库包含了原核和真核微生物的小亚基rRNA（16S和18SrRNA）和大亚基rRNA（23S和28SrRNA）序列。该数据库更新很频繁，但是数据假阳性较greengene高。而且该数据库的物种注释采用的是14级，与常用的七级不同，不方便比较。

3. RDP

网址：https://rdp.cme./index.jsp

RDP数据库的全称是“RibosomalDatabase Project”。是由密歇根州立大学开发维护的在线工具，内容主要包括了数据库和在线分析工具2部分。其中，数据库部分提供了细菌、古菌的16S rRNA基因以及真菌28S rRNA基因序列。其最新版本是2016年9月更新，包含了3356809条16S rRNA基因序列和125525条真菌28S rRNA基因序列。

4. UNITE

网址：https://unite./index.php

UNITE数据库是专门针对真菌ITS序列，包括ITS1和ITS2区最全面的数据库。ITS是最常用的真菌鉴定及多样性检测的marker基因，UNITE是ITS高通量测序后对真菌进行分类注释的比对最常用的数据库。该数据库最新版本是2017年12月更新，新版本包含 817130条ITS序列，可以下载数据库，也可以在线对ITS序列进行鉴定（https://unite./analysis.php）。

5. PR2

网址：https:///articles/PR2_rRNA_gene_database/3803709

PR2数据库是专门针对真核微生物18SrRNA基因的数据库。该数据库主要由核编码的原生生物序列构成，但为方便分析18S的高通量测序数据，数据库也包含了后生生物、陆地植物、大型真菌和真核细胞器（线粒体、质体等）的SSU序列。该数据最新更新是在2018年2月。

6. FunGene

网址：http://fungene.cme./index.spr

FunGene是一个针对微生物功能基因序列的数据库，而且提供了一些工具对功能基因进行分析。FunGene数据库将功能基因分为了7类，抗生素抗性（Antibiotic resistances）、生物地球化学循环（Biogeochemical cycles）、植物的致病基因（Plant Pathogenicity）、系统进化标记（Phylogenetic markers）、生物降解（Biodegradation）、金属循环（Metal Cycling）和其他（Other。FunGene的序列来源于GeneBank 数据库，而GeneBank 数据库是有冗余的，所以FunGene 也会有冗余现象，所以在下载完序列之后，需要去冗余。FunGene可被用于功能marker基因高通量测序后的比对以及功能基因的引物设计等。