如何用Origin绘制热图？

常见的绘制热图的方法有很多，如可用R包，OmicSare tools 的热图工具，Heml等绘制。那么常规的科研作图软件 Origin 能不能绘制热图呢？今天就用Origin尝试下绘制热图。

 

数据准备

本文的示例数据使用周老时在《如何生成相关系数矩阵来画热图》一文中所用的数据，是一个包含20个样本，30个基因的表达量的“数据框”，通过点击 阅读原文可到OmicSare论坛下载。

 

将数据复制粘贴到Origin中后，计算样本两两之间的相关系数（当然也可以将数据转置后计算基因间的相关系数），具体方法见下面的动图。

计算结果会在新的Sheet中给出相关系数矩阵，以及对应的p-value值等，如下图，而本文主要用其中的相关系数矩阵。

 

热图绘制

 

Origin表格的与Excel的表格相类似，选中相关系数矩阵表中的数据部分，通过Plot\Contour\Heat Map（见下图）进入数据选择窗口。

 

然后，在数据选择窗口确定X轴和Y轴标签所对应的数据，主要的参数设置见下图。

点击OK按钮，即可获得初步的绘制结果，见下图。

下面开始为每个“格子”添加数据标签。

由于这一版本无直接添加标签的功能，这里需要“间接”的方法。思路是为每个“格子”添加与之对应的数据点，然后为数据点添加标签，最后将这些数据点和连线隐藏。

 

添加数据之前，需要把多列数据合并为1列，选中数据后，通过Worksheet\Stack columns堆叠数据，注意勾选Include othercolumns，方法见下图。

将堆叠生成的数据复制到一个新表中（注意，这一步很有必要，否则接下来步骤的可能会添加数据不成功），选中C(Y)列后右键，在Properties窗口将列中数据设为两位小数，方法如下。

 

然后右键A列，将A列数据设置为X，全选B（Y）列数据，将鼠标指针移到右侧边缘处，拖动到热图上，释放鼠标，完成数据添加，方法如下。

 

然后双击热图，进入Plot Details窗口，改变细线（Line）的透明度来隐藏连线，然后给Label 添加C(Y)数据，见下图。

 

图表美化与导出

Origin 绘制的热图像绘制其他类型图表相似，可自由的进行自定义美化，方法也很相似。例如可以更改隐藏“坐标轴”等，更有用的是改变“色条”的数值范围（右键热图，在 Colormap 菜单下改变 level），以及在Plot details窗口中自定义渐变颜色，见下图。

最的绘制结果如下图：

Tips：

今天的重点是在学习绘制热图的过程中，学会如何用Origin计算相关性系数；如何将多列数据堆叠为1列，以及给绘制好的图表上添加Data（Label）的技巧。

 

今天的内容就到这里啦~