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我叫小郭，是万事屋的NPC，好吧，纠结到现在的，其实还是找启动子。我一直觉得，在转录起始位点往5'端找1kb-2kb的序列来找启动子，感觉上总有点太草率了好么？到底是不是转录因子都不知道…… 莫愁：这个好解决，首先，我们要来了解一些调控相关的表观遗传的姿势。我们应该知道的是，基因转录的起始，和组蛋白的修饰变化有很大的关系。当然这里面分为组蛋白的甲基化和乙酰化等等修饰关键的组蛋白修饰也就是这么几种，甲基化促进转录激活的，主要就是H3K4和H3K36这两个。此外，H3K27的乙酰化也与转录激活有一定的关系： 这样的话，我们就要用到一个数据库来验证草率选择的区段是否就是启动子区域。我要用UCSC数据库的Genome Browser，因为UCSC中中有大量的表观数据可以供我们来使用验证。首先打开UCSC Genome Browser（http://genome./index.html）： 然后输入我们要查找的基因，我就随便给你搜一个β-Actin也就是ACTB（要是不知道我为啥会输入ACTB的话，就点这里）： 显示数据后，就直接选择β-Actin的基因就行了： 接着，会显示出默认的基因图：其中包括了一些我们需要的和不需要的信息，比如SNP和基因相似性之类的其实我们搜启动子的时候并不是很需要。 于是可以点选：“hide all”，关闭掉图上所有信息。 接着，我们到下面的“Tracks”中去选择我们需要的内容，首先我们需要基因的“Base Position”也就是基因基本位置，还有就是要基因的序列，我们点选一下“RefSeq Genes”就可以，然后“refresh”一下就可以显示了。 接着往下拉，我们要看的是β-Actin的表达调控，那就到“Regulation”里去勾选一下，用“ENC Regulation”这个就可以了，这个数据库是用细胞系验证出来的信息，然后点击“ENC Regulation”的超链进去调整显示项。 “ENC Regulation”调控的数据库包括转录本和组蛋白甲基化、DNA酶超敏反应和转录因子结合位置的信息，全选成“full”就好了，然后选“show”点击确认。 因为是找启动子区，现实的却只是基因所在的位置，那就把整个显示缩小一点就好了，选“zoom out”中的“3×”按钮来缩小。 接着我们看到的基因的信息图了，转录区域显示的是转录组测序得到的结果，H3K4的单甲基化一般会位于转录调控原件附近，H3K27的乙酰化一般会位于启动子附近，而H3K4的三甲基化会促进H3K9的去甲基化导致激活，所以H3K4的三甲基化一般位于激活调控原件附近。由于染色质的松弛导致的激活，也会使得染色质松弛部分的DNA易被DNA酶切除，所以会对DNA酶敏感，查看DNA酶敏感部位也能提示启动子位置。
因为我们还选了显示转录因子结合位点，那我们往下拉，这都是ChIP-chip做出来的结果，用不同的细胞系。显示了这段序列位置上大部分的转录因子结合位点，也能提供启动子所在位置的提示。当然要仔细看，上面有绿色小箭头，代表结合后启动转录的方向。
这样就简单了，在基因转录方向的上游，选择组蛋白H3K4甲基化及H3K27乙酰化比较活跃的位置，然后放大一下看看。对了，要找上游，可以看到“RefSeq”中显示的基因序列上是有小箭头的，这个小箭头就是转录方向，找箭头上游就可以了。
放大后，到网页的最上端，找到“View”的下拉菜单，选择“DNA”，点进去确认显示序列，就可以显示β-Actin最可能的启动子的位置了。
如果你想要保存这个组蛋白乙酰化的图片的话，还是到上侧的“View”下拉菜单中选择“PDF/PS”。
然后下载pdf格式的图片就好啦。 …华丽丽的分割线… 李莫愁博士：要想找启动子，又要找到确实可靠一点的，那就用UCSC试试看，当然UCSC Genome Browser的功能并不只有这么一点点啦。大家也可以慢慢自己去摸索，好啦，今天就策到这里吧。 |
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