想学ATAC-seq分析，错过本篇就错过了一个亿

小丫要开ATAC-seq分析的培训班了？pipeline都有人写好了，还要什么培训班！

两个月前发表于Bioinformatics，esATAC，是个R包。

Wei Z, Zhang W, Fang H, Li Y, Wang X (2018). “esATAC: an easy-to-use systematic pipeline for ATAC-seq data analysis.” Bioinformatics. doi: 10.1093/bioinformatics/bty141.

出自清华汪小我Lab。哦！对了！DEseq的两个通讯，他是其中之一，另一位是张学工。

你需要做哪些准备？

1. 安装R，安装这个esATAC包，可能还要买台好电脑或云端服务器。

2. 准备ATAC-seq的原始fastq文件

3. 告诉它你做的是哪个物种，用哪个基因组版本

并非只能分析人和小鼠，其他物种自己稍微设置一下就好了Customized Pipeline。

接下来就都交给esATAC了。

用这个pipeline能跑出哪些结果呢？

1. QC质控

《什么样的ATAC-seq是成功的？第一期：ENCODE的ATAC-seq质量把关标准》一文中提到的非冗余非线粒体能够回帖的fragment、回帖率、NRF、PBC1、PBC2、peak数、无核小体区NFR、TSS富集、FRiP等质控指标这里都有。没找IDR peak，也就没计算IDR重复的一致性。

另外，它还计算了跟DHS重叠的比例（CistromeDB也把它作为重要指标），最基本的FastQC、adaptor去除情况它也做了。

2. 基本分析

对比了case和control的peak分布，饼图实在是不好看，可参考这种《CS6: ChIPseeker的可视化方法》

peak重叠情况

peak附近基因的GO富集分析，借用了clusterProfiler《最靠谱的富集分析，超炫的展示方式》，为啥选它，看这篇《富集分析，俩人做的结果差5岁 | 你用的注释文件有多老？》

3. motif分析