化肥及农药的使用为解决我们的粮食稳定增产发挥了极为重要的作用，但长期过量的使用化肥、化学农药，使我们耕地微生物失衡、有机质含量急剧下降。
正因如此，微生物菌肥因其改良土壤和增产功效显著,备受关注！然而，考虑到微生物菌肥主要成分为生物活性菌，在使用过程中存在以下几方面不足：
1、见杀菌剂就死亡，不能与杀菌剂混合使用，防治根腐病、根癌等土传病害；
2、见紫外线就死亡，秋季施基肥时期为太阳紫外线质量最好阶段，紫外线可以杀灭微生物菌肥里面的生物活性菌；
3、与化肥混用要注意化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。
微生物菌肥中的菌赖以生存的条件是有机碳。土壤中有足够的有机物或腐殖质时才能被微生物菌利用，进而使土壤微生物快速繁衍，激活营养元素。
微生物菌在土壤中作用主要是产生各种酶，分解各种养分，产生各种酸和二氧化碳，给作物提供更多养分。而微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足够的有机质有机碳才行。
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