阴阳的二分法，即《类经·阴阳类》所谓“阴阳者，一分为二也。”也就使说，任何事物本身都靠分为阴阳两个方面。
阴阳的二分法，源于《周易》。如《易传·系辞上》说：“易有太极，是生两仪，两仪生四象，四象生八卦。”
《内经》对阴阳的二分法作了进一步的解释，并指出阴中有阳，阳中有阴，阴阳之中复有阴阳，是阴阳范畴的普遍规律。如：
《天元纪大论》说：“天有阴阳，地亦有阴阳。……故阳中有阴，阴中有阳。”
《金匮真言论》说：“阴中有阴，阳中有阳。平旦至日中，天之阳，阳中之阳也；日中至黄昏，天之阳，阳中之阴也。合夜至鸡鸣，天之阴，阴中之阴也；鸡鸣至平旦，天之阴，阴中之阳也。故人亦应之。……故背为阳，阳中之阳，心也；背为阳，阳中之阴，肺也。腹为阴，阴中之阴，肾也；腹为阴，阴中之阳，肝也；腹为阴，阴中之至阴，脾也。此皆阴阳表里内外雌雄相输应也，故以应天之阴阳也。”
《阴阳离合论》说：“天覆地载，万物方生，未出地者，命曰阴处，名曰阴中之阴；则出地者，命曰阴中之阳。”
《寿夭刚柔》说：“人之生也，有刚有柔，有弱有强，有短有长，有阴有阳……阴中有阴，阳中有阳，审知阴阳，刺之有方……内有阴阳，外亦有阴阳。在内者，五藏为阴，六府为阳；在外者，筋骨为阴，皮肤为阳。”
《阴阳应象大论》说：“阴味出下窍，阳气出上窍。味厚者为阴，薄为阴之阳。气厚者为阳，薄为阳之阴。”
阴阳的二分法用于解释人体的形态结构、生理功能和病理变化以及指导疾病的防治具有重要的意义。如人体之上为阳，下为阴。心肺居上为阳，肝肾位下为阴。就心肺而言，心为火脏而为阳中之阳，肺为金脏而为阳中之阴。在治疗上，心病当随其温通之性，肺病应顺其肃下之性。
阴阳的三分法，即阴阳各分为三阴三阳：一阴分为三阴，即太阴、厥阴、少阴；一阳化为三阳，即阳明、少阳、太阳。这可能与古人观测到一月约为30日，一年约为360日有关，为了以阴阳来解释这一日月运行的规律，说明这一日月运行的规律与人体五藏六府、十二经脉的联系，必须建立新的阴阳解释性模型，即以阴阳三分法建立的模型。《内经》中有关于阴阳三分法的大量论述，如：
《生气通天论》说：“天地之间，六合之内，其气九州九窍、五藏、十二节，皆通乎天气。其生五，其气三。”
《六节藏象论》说：“天以六六为节，地以九九制会。天有十日，日六而周甲，甲六复而终岁，三百六十日法也。夫自古通天者，……其气九州九窍，皆通乎天气。故其生五，其气三，三而成天，三而成地，三而成人，三而三之，合则为九，九分为九野，九野为九藏，故形藏四，神藏五，合为九藏以应之也。”
《阴阳别论》说：“人有四经十二从，何谓？……四经应四时，十二从应十二月，十二月应十二脉。……三阳在头，三阴在手，所谓一也。”
阴阳三分法在中医学中主要用来说明人体的经脉及其所属的脏腑。即把十二经脉分为手足三阳经和三阴经，并隶属于脏或腑。三阴经与三阳经各有不同的功能，如：
《阴阳离合论》说：“愿闻三阴三阳之离合也。……是故三阳之离合也，太阳为开，阳明为阖，少阳为枢。……是故三阴之离合也，太阴为开，厥阴为阖，少阴为枢。
《根结》说：“太阳为开，阳明为阖，少阳为枢。……太阴为开，厥阴为阖，少阴为枢。”
分离则为三阴三阳，聚合则为一阴一阳。是依人体经络阴气阳气的多少而各分为三。之所以分为三而不分为四或五，其意与《老子》所说的“一生二，二生三，三生万物”及《史记·律书》所说的“数始于一，终于十，成于三”同，这是从阴阳之数而言，即阳之一(—)合阴之二(--)以成三之数。
阴阳划分太少，主要是从各自在“量”的方面的多少而定的。一般说来，阴阳划分太少，既有属于阴阳的二分法的，也有属于三分法的。
以阴阳太少说明四时阴阳与五脏的关系，属于阴阳二分法。其中又有两种不同的阴阳太少划分法：一是将阳再分为太阳与少阳，将阴再分为太阴与少阴。如一年之中四季的变化就是阴阳的变化，春夏为阳，秋冬为阴，由于春夏(阳)和秋冬(阴)各自在量的方面有多少的不同，春为阳气初生故为阳中之少阳，夏为阳气旺盛而为阳中之太阳，秋为阴气生阳气衰故为阴中之少阴，冬为阴气最盛故为阴中之太阴。若按此规律来说明五脏的阴阳属性及其与四时的通应关系，则心为阳中之太阳而应夏，肝为阳中之少阳而应春，肾为阴中之太阴而应冬，肺为阴中之少阴而应秋。《素问·六节藏象论》“藏象何如？”一节的内容也应作相应的改动。二是将阳再分为太阳和少阴，将阴再分为太阴和少阳，即所谓阴中有阳，阳中有阴。《易传·系辞上》说：“太极生两仪，两仪生四象。”两仪是指天地，四象是指四季。太极生阴阳之气，以成天地，天地阴阳之气交感变化，就形成了春夏秋冬四季。夏秋为阳：夏为阳中之阳，其阳必盛，故称太阳；秋为阳中之阴，其阴必弱，故称少阴。冬春为阴：冬为阴中之阴，其阴必盛，故称太阴，春为阴中之阳，其阳必少，故称少阳。四时与五脏相配，则心为阳中之太阳而通于夏气，肺为阳中之少阴而通于秋气，肾为阴中之太阴而通于冬气，肝为阴中之少阳而通于春气。《素问·六节藏象论》“藏象何如”一段所言五脏与四季阴阳太少的配属，不但将文中太阴与少阴颠倒了，将肝配成“阳中之少阳”（应为阴中之少阳），而且将脾配为“阴中之至阴”。至阴即太阴，提到阴中之至阴，就必然有阴中之少阴和厥阴，自然不是阴阳的二分法了，而属阴阳的三分法。因此，本节将阴阳的二分法与三分法混而为一了，因而就难以理解了。《灵枢·阴阳系日月》所说：“腰以上者为阳，腰以下者为阴。其于五脏也，心为阳中之太阳，肺为阳中之少阴，肝为阴中之少阳，脾为阴中之至阴，肾为阴中之太阴。”这与《素问·六节藏象论》所说是一致的。以四季阴阳的太少配五脏，只能与心肺肝肾四脏相配，而脾无法与四季阴阳太少相配，这是由于此四季阴阳的太少是按阴阳的二分法来确定的，只有太阳、少阴、太阴、少阳四者，怎能与五脏相配？要想解决脾与四时阴阳的关系，只有将四时变为五时（加长夏）或让脾主四时了。而要想解决脾之阴阳属性，只好借用阴阳三分法，将脾归属于太阴或至阴。
以阴阳的太少说明经脉的名称或脏腑的阴阳属性，当属阴阳三分法。此时阴阳的太少，阳中除太阳和少阳外，又加阳明，阴中除太阴与少阴外，又加厥阴，以成太厥少三阴、阳少太三阳。《素问·至真要大论》说：“愿闻阴阳之三也何谓?岐伯曰：气有多少，异用也。”《天元纪大论》说：“何谓气有多少?鬼臾区曰：阴阳之气各有多少，故曰三阴三阳也。”这是以三阴三阳的理论配手足十二经脉。如《灵枢·经脉》所说的“肺手太阴之脉”、“心手少阴之脉”、“包络手厥阴心主之脉”、“大肠手阳明之脉”、“小肠手太阳之脉”、“三焦手少阳之脉”之类。由于三阴三阳经隶属于六脏六腑，故也可以之说明脏腑的属性，如脾为至阴或太阴，胆为少阳等。说到三阴三阳，自然要涉及到开阖枢。三阴经通脏，三阳经通腑，所以，开阖枢的理论是建立在经脉和脏腑的基础之上的。脏腑居内，其气的升降出入变化，均以经络为通路。阴经、阳经俱有开阖枢，就阳经论，则太阳为开，阳明为阖，少阳少枢；以阴经言，则太阴为开，厥阴为阖，少阴为枢。
另外，古人又把四时六气分属三阴三阳，用于运气学说。这是以天之六气与地之五行相结合来认识的。如厥阴风木属春，少阴君火、少阳相火属夏，太阴湿土属长夏，阳明燥金属秋，太阳寒水属冬，并以此六气分属五行，联系脏腑，如《素问·气交变大论》所说：“岁木太过，风气流行，脾土受邪”，“岁金太过，燥气流行，肝木受邪”等等。
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