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想要了解灵芝子实体跟菌丝体的差异，就得先了解灵芝的生长过程：
孢子→菌丝体→子实体→释放孢子。
从眼睛看得出的那朵灵芝（即子实体）开始讲起。当灵芝成熟后，菌伞会向外翻，把孢子向外弹射。随风飘散的灵芝孢子一旦掉落到环境适宜的树木上就会开始萌发，慢慢长出一节一节短短的、在显微镜底下才看得到的菌丝。
愈长愈密的菌丝逐渐形成一颗硬硬扁扁、肉眼可见的东西，称为灵芝的“原基”。子实体从这个时候开始发育，只要有适当的条件配合（像温度、湿度等等），就有机会长出灵芝来。
从灵芝的生长过程可以清楚知道，基本上二者都是灵芝产物，但二者有很大的不同，所谓菌丝体，就类似植物的根部；所谓子实体就是类似植物的株或果实。
由于灵芝不像植物有维管束可以把根吸收到的水和养分往上输送，只能完全依赖菌丝体供应，所以相对于植物与根的体积是一比一，灵芝子实体与菌丝体等体积则是一比十，也就是大致要长出十倍量的菌丝体才能养出一朵灵芝。这也是为什么市售灵芝产品用子实体做会比用菌丝体贵上好几倍的原因之一。
在培植方面，菌丝体可以用深层培养液 (把糖类、淀粉类溶于水中)，把灵芝菌种植于其中，约需6天便能生产完毕，从准备到收成的整个过程，约需20来天。 原料取得方面，一般厂商往往是把固体与液体分离后，把固形物冷冻干燥或喷雾干燥后，研磨成粉，便是菌丝体原料。其宣称多糖最高，其实是指灵芝菌丝多糖与培养液中的淀粉及其它糖类的总多糖 (淀粉也是一种多糖，没有生物活性)。这样的总多糖与纯灵芝高分子多糖是不能同日而语的，因其分子结构及分子量大相径庭。而医学上所证实的多糖能提高或调节人体免疫力等，是针对灵芝高分子多糖而言。
灵芝子实体的人工培植是以木屑、米糠作为培养基，所需成长时间约100天，从准备到收成需要近一年之久。所以，二者培植方式不同，所需时间不同，人力物力成本不同，收成的原料不同；特别是液体发酵与固体培植的发育成长不同，其代谢物亦不同，如很有药用价值的三萜类Triterpenoids在液体培养中几乎不存在。
吃灵芝，选择子实体或菌丝体？——最好是子实体
1、古书上讲的“灵芝”指的是子实体
子实体是一朵菇，菌丝体是一丝丝提供子实体生长养分的东西，你要选择哪一种？虽然子实体和菌丝体可以来自一个菌种，但在生物上却是完全不同的东西，就如同“毛毛虫不是蝴蝶”、“蝌蚪不是青蛙”的道理一样。不论是灵芝、香菇、草菇、金针菇，或是餐桌上的任何一种菇类，几千年来人类食用的都是子实体，而不是太空包里面的菌丝体。子实体跟菌丝体有很大的不同，不能够混为一谈。
2、灵芝质量的好坏决定在“子实体”！
成分上，子实体除了多糖体和免疫调节蛋白之外，还有很多次级代谢产物（如三萜类、灵芝酸、腺苷）；菌丝体的次级代谢产物就少多了，活性成分以菌丝体多糖为主。所以从活性成分的“种类”来看，菌丝体是比不了子实体的。
不过有一点可以确定的是，真正在科学上证明有效的灵芝多糖主要还是来自子实体，菌丝体多糖的功效则比较不确定。况且实际在临床应用上，吃灵芝子实体产品抗癌通常有一定的效果，但菌丝体产品吃有效的则较少听到。
应该说，灵芝的好坏决定在“子实体”。假如哪一天不幸被诊断罹癌，我除了会配合西医疗法外，还会吃灵芝子实体的产品，以及餐餐都要有一盘菇类。
3、子实体的安全性较高
从健康食品的安全性分类来看，子实体的食用已有2000多年的历史，在国外可以直接作为食品使用，没有安全问题；菌丝体为最近几年才有推向市场，由于发酵过程，控制不好容易染菌，导致各种各样的毒素产生，又不容易被检测出来，所以上市前需进行毒理试验，表示可能有毒性疑虑。所以两者的安全等级一个是A段班、一个是B段班，完全不能相比。
4．生产子实体的成本，比菌丝体高很多
数万至十几万就能买到一个工业生产用的小型发酵罐，所需的厂房面积也不大。因此工业化发酵生产菌丝体有成本低、效率高的优点。从接种到长满菌丝可以收成通常只要二至三周的时间。
相对来说，生产灵芝子实体就困难多了，不仅生长期长达数月，培养基的成本也因为木屑原料逐年调涨而比培养菌丝体高出很多；在每包太空包只长一朵子实体的情况下，得需好几亩地才能和菌丝体一个工业化发酵槽的产量相比；栽培过程中必须以人工方式调节菇舍的湿度、温度、通风、光照等条件，且要巡逻查看有无虫害，才能顺利出菇，以致不论是对于人力或电力的需求，都比发酵罐生产菌丝体高出许多。种出一朵子实体的成本大约是同等重量的菌丝体的十倍以上，这也是为什么市售灵芝产品用子实体做原来会比用菌丝体贵的原因。
最后要强调的是，自古人类运用灵芝的历史经验及大量的学术研究记载都是子实体，而非菌丝体。所以对人体健康的保健与药用价值也各不相同，不宜混为一谈。
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