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最近，生信交流群（群号：659344871）有童鞋问怎么计算叶片的病斑面积，在之前的《如何用ImageJ进行细胞计数？》一文已向大家介绍了如何用ImageJ进行图片的斑点计数。 ImageJ 当然也可用来分析如叶片面积，划痕实验的划痕面积等不规则区域的面积，方法其实和计数的方法几乎一样。
下面，我们就看一下如何测量叶片病斑的面积。
首先，通过File\Open打开需要分析的图片，然后通过Image\Type\8-bit（如下图）将图片的色彩模式改为8位的灰度图。 如果觉得病斑和叶片的区分度（对比度）不是很高，可通过Image\ Adujust \ Brightness / Contrast，右移滑块（下图虚线框所示），给图片增加些对比度。 接下来是设置标尺的真实单位，也就是将图片的像素尺寸（pixels）换算为实际的物理尺寸，如这里的毫米。方法是根据照片中的尺子，用直线工具画一条已知长度的线段，然后通过Analyze \ Set Scale，设置换算关系，选择“Global“，点OK 完成设置。
确认无误后，如果觉得尺子碍事，可用矩形工具选择要保留的区域，通过Image\Crop 可把照片中的尺子裁掉（可不裁）。 然后，通过Process \ Binary \ Make Binary，使用自动阈值（automated threshold）将整个灰度图片转化为仅有黑白两种颜色的黑白图。 当然你也可以通过Image\Adjust\Threshold，手动用阈值算法将图片颜色合并为两种来达到此目的，这样可以更加精细地调整病斑区域。
通过Analyse\Analyze Particales进入分析粒子窗口，设置“病斑“的最小Size（这里设为50，用以过滤小的斑点），Show ：选择Outlines，以外轮廓的形式显示“病斑”；勾选Summarize，点击OK。 以轮廓的方式显示的效果如下： 在Summary窗口显示计算的面积，可反复多次测量，然后另存为“.xls”格式的文件。 如果病斑与叶片的颜色区分度不大，可用自由选择工具手动绘制选区，然后Ctrl+M，即可快速完成面积测定，今天的内容就到这里啦~ |
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