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很多网友跟我们说，天天被KEGG虐，不知道一些符号代表的含义，还不知道怎么找pathway。我们也是操碎了心。其实KEGG除了主体功能pathway之外，还有一些非常好用的在线工具。 今天我们先来科普KEGG数据库的基本知识，后续我们会陆续分享上面的在线工具使用哈。 KEGG数据库的内容很多，核心是KEGG pathway。数据均来自文献，通过手绘路径图集。 如上图，KEGG除了核心内容pathway，还有对数据库的信息分类（如，Brite），或pathway的组成元件的信息（Module、orthology）。 这些信息往往会交叉出现。 我们以“生物素合成酶”为例： 看上面这个图，注意到这些蓝色小字，为什么有些是K开头的，有些是KO开头的，还有些是M或者C开头的，很神烦dei不dei？我们来解释一下： 1、K num（基因ID号，表示在所有同源物种中具有相似结构或功能的一 类同源蛋白）。 如K01012=>生物素合成酶（备注：K建议大写） 2、ko num（代谢通路名称，表示一个特定的生物路径） 如：ko0078 => 生物素代谢通路 （备注：ko小写） 3、M num(模块名称） M00123 => 生物素合成模块 4、C num（化合物名） 如C00120：生物 5、E -.-.-.-(酶名） EC2.1.1.116 => 生物素合成酶（其实也就是k01012） 6、R num(反应名) 7、RC num(反应类型）RP num（反应物质对） m开头。这些模块往往是pathway的重要组成部分（但也只是一部分）。包括:路径模块、结构复合物、功能集、信号模块等。 这里的模块展示的就是生物合成的过程（上），相当于这个pathway的局部地图（简化版）。 KEGG中，信息的层级分类系统，KEGG会从不同的角度分层级。如下图，从pathway，modues和Enzynes三个角度，分析了这个基因的从属关系。 从酶的角度考虑，这个酶属于转移酶的大类，更次级的分类是巯基转移酶….这样层层分类，来展现这个酶的信息。 另外，界面还包括了这个基因在不同物种中的信息，前三个字母是这个物种拉丁名的简写，例如ATH代表拟南芥。 |
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