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MCScanX采用改进了的MCScan算法，分析基因组内或者基因组间的共线性区块。它利用两个物种蛋白质blastp比对结果，再结合这些蛋白质基因在基因组中的位置，得到两个物种基因组的共线性区块。如果是分析基因组内的共线性区块，物种内蛋白质自己比对自己就好了。 一、MCScanX安装
下载MCScanX的安装包MCScanX.zip，可以在linux系统和Mac OS进行编译： $ unzip MCscanX.zip
$ cd MCScanX
$ make |
如果是在64位系统进行编译，msa.h、dissect_multiple_alignment.h、detect_collinear_tandem_arrays.h这三个源文件的开头需要添加#nclude 。
MCScanX包括MCScanX、MCScanX_h、duplicate_gene_classifier三个主程序，位于主文件夹中；还有12个下游分析程序位于downstream_analyses文件夹中。MCScanX 检测共线性区域，并比对到参考染色体上。MCScanX_h 和MCScanX类似，只不过输入文件是成对的用tab分隔的同源基因。下游分析程序主要用于可视化输出。 二、输入文件的准备
我们需要两个物种的蛋白信息，还有对应蛋白在基因组中的位置。推荐从Ensembl下载蛋白质信息，它的注释信息非常全。如下是Homo_sapiens.GRCh38.pep.all.fa(下载于Ensembl，人的全部蛋白质信息)的一条蛋白质的信息：
>ENSP00000452494.1 pep chromosome:GRCh38:14:22449113:22449125:1 gene:ENSG00000228985.1 transcript:ENST00000448914.1 gene_biotype:TR_D_gene transcript_biotype:TR_D_gene gene_symbol:TRDD3 description:T cell receptor delta diversity 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12256]
该蛋白质名ENSP00000452494.1，位于14号染色体上，起始位置22449113，终止位置22449125。 blast建库： $ makeblastdb -in a.fa -dbtype prot -parse_seqids -out adb |
blast比对： $ blastp -query b.fa -db adb -out xyz.blast -evalue 1e-10 -num_threads 16 -outfmt 6 -num_alignments 5 |
按照软件说明书的要求，-evalue 1e-10是将e value卡在1e-10，-num_alignments 5是取最好的5个比对结果，-outfmt 6是输出格式为tab分隔的比对结果。 蛋白质基因在基因组上的位置文件为gff文件。这里的gff文件不是平常用到的那种，需要修改一下。文件是一个tab分隔的，只有4列：
sp# gene starting_position ending_position
sp是两个字母，后面的#号表示染色体编号，这个文件自己生成一下好了。 三、使用MCScanX分析基因组共线性区块
假设我们的blast文件为xyz.blast，gff文件为xyz.gff，且都放在一个文件夹下，我们可以简单运行一下命令： 程序输出的结果有两个xyz.collinearity文件和xyz.html目录。
xyz.collinearity，成对的共线性区域，如下图所示：
xyz.html目录里面有很多小文件，文件名称是参考基因组染色体编号。第一列是每个基因位点的复制深度，第二列是基因参考染色体，红色部分是串联基因，后面黄色部分的内容是比对上的共线性区域，只有哪些比对上的基因会被展现出来。html文件可以用网页浏览器打开。如下图所示：
 下面是一些更详细的参数：
 四、下游分析程序
下游分析程序很多，主要是用来出图的，就不一一介绍了。
dot_plotter.java画散点图 $ java dot_plotter -g gff_file -s collinearity_file -c control_file -o output_PNG_file |
circle_plotter.java画圆圈图 $ java circle_plotter -g gff_file -s collinearity_file -c control_file -o output_PNG_file |
输入除了MCScanX的结果和gff文件，还需要一个ctl文件，这个文件自己按照MCScanX的说明去写即可，告诉程序图要画成什么样子。
 更多用法参见官方的说明书。
http://chibba.pgml./mcscan2/documentation/manual.pdf
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