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加入模式：加微信bioinformatics88为好友，备注“加入生信草堂交流群”，在群里注明姓名、单位、研究领域。 征稿邮箱：glb-biotech@zju.edu.cn 详情阅览：一手科研开花，一手赚钱零花 我们在查看16S结题报告的时候，都会发现有稀释性曲线和Rank Abundance 曲线这两张图。下面就来讲讲如何理解这两张图，以及它们的意义 ·稀释性曲线如何做？ 首先，从一个样本测序得到的所有序列中随机抽取序列（reads），抽取序列的数目也是随机的，然后统计每次抽取出来的序列有多少个OTU（也就代表了有多少个物种），最后以抽取的序列数目为横坐标，相应的OUT数目为纵坐标，绘制曲线。 以上图为例，图中每一条曲线代表一个样本，样本的测序量应该在12000个序列左右。对每个样本的序列进行若干次随机抽样，抽出来的数目从0到12000不等，并且计算每次抽出来的序列代表的OTU数目，最后绘制相应的曲线。 稀释性曲线可以用来比较测序不同的样本中物种的丰富度，也可以用来说明样本的测序数据量是否足够，是否需要加测数据。对某个样本来说，当曲线趋末端向平坦时，说明测序数据量合理，更多的数据量只会产生少量新的OTU，反之则说明测序深度不足以覆盖大多数菌，继续测序还可能产生较多新的OTU。因此，通过作稀释性曲线，可得出样品的测序深度情况。对于不同的样本（也就是不同颜色的曲线）来说，位于上方的样本物种的丰富度要高于位于下方的样本。例如上图中SL120样本的丰富度是最高的。 Rank-abundance曲线主要用来展示样本的多样性。构建方法：针对每个样本，统计出所有OTU对应的序列数目，然后将OTUs按照序列条数的多少进行升序排序，以OTU序号为横坐标，以该OTU对应的序列数（也可用OTU 中序列数的相对百分含量）为纵坐标做图。 上图中，每条曲线代表一个样本，横坐标500对应的点代表了排序第500的OTU有多少条序列，其他点的意义类似。 Rank-abundance 曲线可用来展示多样性的两个方面：物种丰度和物种均匀度。在水平方向，曲线的宽度反映了物种的丰度多少，曲线在横轴上跨越的范围越大，物种的丰度越高，例如上图中，红色样本比绿色样本物种丰富要高；另外，曲线的平缓程度反映了样品中物种的均度，曲线越平缓，物种分布越均匀，曲线越陡，物种分布越不均匀。上图中，可以认为红色样本的均匀度好于其他颜色的样本。 |
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