但是，这场大辩论还没有开始，似乎就已经决定了胜负结果。因为在太宗穆赤坚汗窝阔台时代，西凉王阔端和藏传佛教萨迦派班智达大师联袂主持的“凉州会盟”之后，大帝国取得了对吐蕃地区（今中国西藏）的统治权，藏传佛教对汗（皇）室和大帝国中蒙古王公、高级贵族的影响与日俱增。后来，由于宪宗蒙哥汗的主要征服目标还是南宋政权，所以一度对吐蕃地区并未给予太多关注，而忽必烈在领军从陕甘南下迂回包抄南宋期间，准备趁机彻底落实“凉州会盟”的成果，即将吐蕃全景纳入大帝国的版图，但是当事者萨迦班智达已于公元1251年圆寂（西凉王阔端也于同一年过世），忽必烈不得不依靠班智达的侄子八思巴来实现其的这一目标。几经周折之后，以忽必烈和王妃察必等人皈依藏传佛教为代价，方才换得八思巴全力以赴配合的允诺。
配图为西藏藏传佛教萨迦派宗师萨迦班智达与大蒙古帝国西凉王阔端的“凉州会盟”
所以，为了回报或者说答谢不战而取得吐蕃这样一块具有重要战略意义的地区的恩情，忽必烈必须想办法让藏传佛教取得这场宗教大辩论的胜利。还有一个重要原因是，道教作为一种土生土长的汉地宗教，到公元13世纪时，还没有能与儒家文化形成合力，这是因为儒家自孔夫子创立，在经过了西汉时期“罢黜百家，独尊儒术”走向辉煌之后，又经历了隋唐的蓬勃发展，到了两宋，以“程朱理学”为标志抵达了顶峰；但从整体上来看，这个时期尽管已经出现了儒、道、汉传佛教三教合流的趋势，如耶律楚材的老师万松老人、刘秉忠的老师海云和尚，以及道教全真派的祖师重阳真人王嚞等人都主张三教合流，但就总体而言，三教还处于各自“自我欣赏”的阶段。
持续数天的唇枪舌剑，以雄辩的藏传佛教萨迦派宗主八思巴的带领下的佛教界一方的胜利而告终。作为主持人的忽必烈按照当初设定的规则，派人将道教一方的樊志应等十七人一同送到龙光寺削发为僧，还下令将太祖成吉思合罕帖木真时代、太宗穆赤坚汗窝阔台时代曾被改作道观的三百余处寺庙又全数归还给了佛教徒。
这场大辩论结束后，藏传佛教的萨迦派（即藏传佛教——喇嘛教——五大分支（黑、白、红、黄、花）中的“花教”）势力在大帝国宗教生活中占据了上风，这为后来少数藏传佛教信徒仰仗着大帝国汗（皇）室的宠幸而飞扬跋扈埋下了伏笔，也成为了后来黄金家族撤离大都（今北京）、败走漠北大草原的重要原因之一。
而道教、佛教和儒家，则由于这场大辩论的结果，加速了互相之间的教义渗透和文化整合，形成了以儒家学说为理念、以道家和汉传佛教为宗教表现形式的一体化文化思潮，逐渐成为中华民族的主体文化。
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