现行抵扣政策规定，高速公路通行费，自2018年7月1日起，需取得收费公路通行费增值税电子普通发票，按发票注明金额/（1+3%）*3%计算抵扣。这里需要注意的是，自2018年1月1日至2018年6月30日暂未取得对应电子普通发票的，可凭纸质普通发票计算抵扣，自7月1日起必须为增值税电子普通发票了。
一般的，自高速公路通行第10个自然日起，可以登陆发票服务平台www.txffp.com（在这之前及时在全国统一的这一平台注册，登记开票信息等）取得通行费对应的电子普通发票，随后，自增值税电子普通发票开具之日起360日内登陆本省增值税发票选择确认平台，勾选确认
报表填列，填列到附表2第2栏“认证相符的增值税专用发票”。这里需要注意，之前道路通行费凭纸质发票，计算抵扣的税额是填列在附表2第8栏“其他”。
【相关依据】
财税[2017]90号财政部国家税务总局关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知
自2018年1月1日起，纳税人支付的道路、桥、闸通行费，按照以下规定抵扣进项税额：
(一)纳税人支付的道路通行费，按照收费公路通行费增值税电子普通发票上注明的增值税额抵扣进项税额。
2018年1月1日至6月30日，纳税人支付的高速公路通行费，如暂未能取得收费公路通行费增值税电子普通发票，可凭取得的通行费发票(不含财政票据，下同)上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣的进项税额：
高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷(1+3%)×3%
交通运输部、国家税务总局公告2017年第66号关于收费公路通行费增值税电子普通发票开具等有关事项的公告
四、通行费电子发票其他规定
（一）增值税一般纳税人取得符合规定的通行费电子发票后，应当自开具之日起360日内登录本省（区、市）增值税发票选择确认平台,查询、选择用于申报抵扣的通行费电子发票信息。
按照有关规定不适用网络办税的特定纳税人，可以持税控设备前往主管国税机关办税服务厅，由税务机关工作人员通过增值税发票选择确认平台（税务局端）为其办理通行费电子发票选择确认。
收费公路通行费增值税进项税额抵扣政策按照国务院财税主管部门有关规定执行。
（二）增值税一般纳税人申报抵扣的通行费电子发票进项税额，在纳税申报时应当填写在《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）中“认证相符的增值税专用发票”相关栏次中。
（三）单位和个人可以登录全国增值税发票查验平台（https://inv-veri.chinatax.gov.cn），对通行费电子发票信息进行查验。
