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鼠疫菌是一种细胞内兼性寄生菌，在自然情况下，主要寄生在某些啮齿动物体内，通过跳蚤的叮咬传播，得以长期延续其种族。在自然界动物种类虽然繁多，但在只有那些对疾病病原体有感受性的种群，才有流行病学意义，称为宿主动物。同时由于感受性和敏感性的不同，其流行病学意义也不同，因此常将宿主动物分为主要宿主、次要宿主和偶然性宿主。 1.主要宿主： 是病原体的长期保存者，对病原体的种族延续起主要作用。主要宿主一般对鼠疫菌具有高感受性和中等敏感性。如果一个地区没有主要宿主，病原体便不能保持其种族的延续，这种疾病也就不复存在。我国12类鼠疫自然疫源地中，主要宿主动物有14种，其中2块疫源地为双宿主疫源地。这些主要宿主有喜马拉雅旱獭、灰旱獭、长尾旱獭、蒙古旱獭、达乌尔黄鼠、阿拉善黄鼠、长尾黄鼠、长爪沙鼠、布氏田鼠、青海田鼠、黄胸鼠、齐氏姬鼠、大绒鼠和大沙鼠等。 主要宿主的共同特点是： (1)对鼠疫菌具有高感受性和中等敏感性，既可以感染鼠疫，也可以造成败血症死亡。 (2)常常是某疫源地的优势种，密度高，即使在低密度的年代，其最适生境中仍能保持一定数量水平。 (3)分布区域广泛，并且呈连续性分布。 (4)具有适于传播鼠疫的媒介即能够形成菌栓的跳蚤，同时具有适宜寄生蚤生存的构造复杂的洞穴及洞内稳定的小气候条件。 2.次要宿主： 一般是指在自然疫源地中经常参加动物病流行，但对鼠疫菌的长期保存不起决定性作用的温血动物（主要是啮齿类）。该类动物可经常参加流行，有时流行的猛烈程度甚至超过主要宿主，特别是家野两栖性的次要宿主，由于接触人的机会多，更常常是人类疾病流行的主要传染源，如褐家鼠等。一些较大且猛烈的人间鼠疫流行，主要传染源往往就是这些与人伴生的次要宿主引起的，特别是当它的数量大幅度增加时，表现得更加突出，因此也称它们为“流行宿主”。次要宿主一般对鼠疫菌具有高感受性和高敏感性。 3.偶然宿主： 一般是指对鼠疫菌抗性较高的动物，即对鼠疫菌的感受性和敏感性均低，对保持自然疫源性不起作用，但其流行病学意义较大。某些经济动物及与人类接触密切的动物，如猫、狗、藏系绵羊等均可作为偶然宿主感染鼠疫，往往成为人类鼠疫感染的传染源。 目前已发现能够自然感染鼠疫的动物有300余种，除了啮齿目和兔形目动物外，某些食肉动物、食虫动物、偶蹄类动物、家畜以及鸟类等均能感染鼠疫，如狼、狐狸、鼬、狗、猫、兔、羊、牦牛、骆驼等。 甘肃境内发现能够自然感染鼠疫的动物共有10种：喜马拉雅旱獭、阿拉善黄鼠、赤狐、沙狐、艾鼬、小家鼠、灰仓鼠、灰尾兔、牧犬及家猫等。 
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