常见非编RNA介绍 非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA),指的是不被翻译成蛋白质的一类小RNA,长度一般为20~25个核苷酸(nucleotide,nt),转录ncRNA的DNA序列叫非编码RNA基因。 随着生物学的发展和多学科的相互渗透,人们对ncRNA的认识日渐加深,近十几年来,发现了大量新的ncRNA,虽然它们没有编码蛋白质的功能,但参与蛋白质翻译过程,是RNA实现功能的关键分子。 1.tRNA tRNA分子较小,长度约74~95nt,其主要作用是在蛋白质合成中转运氨基酸。 tRNA基因全长约140个碱基对(bp),基因成簇排列,外显子和内含子间隔分布。此外,一个转录单位还包括启动子和终止子等元件。 tRNA的合成过程包括起始、延长和终止3个阶段。 真核生物转录起始需要转录因子与RNA聚合酶等形成转录起始复合物,共同参与转录起始过程; tRNA的延长靠RNA聚合酶Ⅲ(PolⅢ)的催化,合成方向为5’一3’; 当RNA聚合酶行进到DNA模板的终止信号时,RNA聚合酶就不再继续前进,转录终止。 以上过程生成的是tRNA的前体,前体tRNA需要经过加工和修饰后才能成为有活性的、成熟的tRNA。 2.rRNA rRNA是核糖体的组分之一,参与蛋白质的合成。 在哺乳动物中,rRNA占转录总RNA的50% 以上,其基因在细胞中约有几百个拷贝,转录的主要场所在核仁区,每个rRNA基因单位都包含了rRNA基因的启动子、增强子、基因间启动子、复制起点、转录终止子和复制又障等元件。哺乳动物中47S的rRNA前体由DNA依赖的RNA聚合酶I转录,之后被加工成成熟的18S、5.8s和28S的rRNA,再与Pol llI转录的5S rRNA一起参与组成核糖体主要的催化和结构中心。rRNA基因在转录和转录后加工过程中能对外界环境变化作出响应,并与细胞周期有关。 3.小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA) siRNA是RNA干涉(RNAi)过程中出现的一种约21~25nt的小分子RNA, 一般由Dicer核酸酶加工而成,可引发与之互补的目标mRNA的沉默。 siRNA可由人工合成或载体表达,RNA病毒入侵、转座子转录、基因组中反向重复序列转录等原因可能导致细胞中出现双链RNA(dsRNA),dsRNA被Dicer核酸内切酶Ⅲ(RNaseⅢ)加工成21~25nt的siRNA。 siRNA双链结合一个核酶复合物,从而形成RNA诱导沉默复合物(RNA—induced silencing complex,RISC)。RISC是RNA干涉过程中一种关键复合物,一般认为它可能包括内切核酸酶、外切核酸酶、解旋酶等酶活性。RISC的激活需要依赖ATP将小分子RNA解双链的过程,解成单链的siRNA引导激活的RISC,通过碱基配对定位到同源mRNA转录本上,并在距离siRNA3’端l2个碱基的位置切割mRNA。mRNA在转录后降解,从而抑制基因表达,因而RNAi又称之为转录后基因沉默。同时siRNA可大量扩增,并转运出细胞,扩散至整个机体。siRNA还可以作为一种特殊的引物,引起级联放大效应,这一过程被称为随机降解PCR反应。 4 微小RNA(microRNA。miRNA) miRNA在真核细胞中普遍存在,是由一大类非编码小RNA(约21~23nt)组成的。作为内源性的翻译抑制因子,miRNA主要通过与靶mRNA的3’一非翻译区的碱基互补配对而起作用。当其与mRNA不完全配对时,抑制翻译过程;完全配对时,则切割或降解靶mRNA。 miRNA基因在核内由RNA聚合酶II转录而来,初产物是pre—miRNA,具有1个或多个茎环结构。pre— miRNA由细胞核输送到细胞质后,被核酸酶Dicer切割成约22nt的双链,该双链迅速被引入沉默复合体(RISC)中,其中一条成熟的单链miRNA保留在这一复合体中。成熟的单链miRNA结合到与其互补的mRNA的位点,通过碱基互补配对抑制基因表达。这种作用机制在各物种间比较保守,且在机体的基因表达调控网络中具有时空特异性。
5 小核RNA(small nuclear RNA,snRNA) snRNA是真核细胞核内的一组小分子RNA,分子较小,约含50—200nt,其主要作用是与有关蛋白结合形成小核糖核蛋白体(snRNP),对RNA的前体进行加工。snRNA在核内转录,但snRNP在胞浆组装,发挥功能则又在核内,所以需要跨核膜转运。 6 小分子核仁RNA(small nueleolar RNA,snoRNA) Weinberg在哺乳动物体内发现了第一个snoRNA,其主要作用是参与细胞核中前体rRNA的加工与修饰。随后在脊椎动物、酵母和植物中也发现了大量的snoRNA,它们是一类典型的ncRNA。 在脊椎动物中,除少数snoRNA基因单独转录外,大部分snoRNA由蛋白质编码基因的内含子编码。 酵母中除7个内含子基因和5个多顺反子snoRNA基因簇外,大部分snoRNA由单独基因编码。植物中的大部分snoRNA基因属于多顺反子基因簇,这些多顺反子基因簇部分是内含子,它们分别由2—5个snoRNA基因组成。 ncRNA基因数量巨大,除上述几种ncRNA外,转移一信使RNA(transfer—messenger RNA,tmRNA)、小胞浆RNA(small cytoplasmic RNA,seRNA)、信号识别颗粒RNA等也都属于ncRNA,它们在染色体复制,转录调节,RNA加工、修饰,mRNA稳定性和翻译以及蛋白质降解和转运过程中都起了重要的作用。 近年来人们对neRNA的研究极大加快了RNA组学(RNomics)的研究步伐,ncRNA比以前想像的要丰富和重要得多,“RNA世界”中仍有大量的未知RNA有待于人们去发现。 (一)基因结构
其实这个结构不完整,完整的如下:
主要注意UTR这个结构 (二)真核生物的基因结构包括编码区和非编码区。 1.编码区 编码区其实是断裂基因结构,也就是不连续基因。 具有蛋白编码功能的不连续 DNA 序列称为外显子,外显子之间的非编码序列为内含子。 第一个外显子首端 和 最后一个外显子末端,分别为翻译蛋白的起始密码子 和 终止密码子。 2.非编码区 首位和末位外显子两侧的区域为非编码区,也可以叫做侧翼序列, 侧翼序列中包含一些调控元件,比如启动子、终止子,还可能有增强子。 上游侧翼序列包含启动子区域,启动子区域包含: · 5’端 TSS 上游约20~30个核苷酸的位置,有** TATA 框(TATA box)**,碱基序列为TATAATAAT,是RNA聚合酶的重要的接触点, 它能够使酶准确地识别转录的起始点并开始转录,影响着转录开始的位点。 · 5’端 TSS 上游约70~80个核苷酸的位置,有 CAAT 框(CAAT box),碱基序列为GGCTCAATCT, 是 RNA 聚合酶的另一个结合点,它控制着转录的起始频率,而不影响转录的起始点。 · GC 框(GC box),位于CAAT 框的两侧,由GGCGGG 组成,是一个转录调节区,有激活转录的功能。 增强子可位于转录起始位点上游或下游,一般在5’端转录起始位点上游约100个核苷酸以外的位置, 它不能启动一个基因的转录,但有增强转录的作用。 沉默子:抑制转录 终止子:AATAAA 序列和其下游的反向重复序列。终止子区域包含: · 在3’端终止密码子下游有 AATAAA 短序列,可对 mRNA 的多聚腺苷酸化有重要作用:在 polyA 化之前,mRNA 的3‘端会水解掉10~15个碱基。AATAAA 作为 RNA 裂解信号,指导核酸内切酶在此信号下游10~15碱基处裂解 mRNA;在聚合酶作用下,在成熟 mRNA 的3‘端加150~250个A的 poly A。 · AATAAA 序列的下游是一个反向重复序列(约7~20核苷酸对),位于转录终止位点之前,经转录后可形成一个发卡结构。发卡结构阻碍 RNA 聚合酶移动,转录终止。 从转录起始位点到终止位点转录出来的 RNA 便是前体 RNA 分子,经过内含子的剪切,以及5 ‘加帽子结构和3‘加 PolyA 的修饰,形成成熟的 mRNA。 5’UTR 和 3‘UTR,5’端帽子结构与起始密码子之间的区域,3’的 polyA 和终止密码子之间区域,不编码蛋白质。 miRNA 经常结合于 3‘UTR,从而引起 mRNA 降解。mRNA 的5’端帽子结构是 mRNA 翻译起始的必要结构,对核糖体识别 mRNA 提供了信号,协助核糖体与 mRNA 结合,使翻译从 AUG 开始。 帽子结构可增加 mRNA 的稳定性,保护 mRNA 免遭 5’→3‘ 核酸外切酶的攻击。
原核生物与真核生物mRNA的异同点 1、原核生物中mRNA的转录和翻译发生在同一个细胞空间,而且几乎是同时完成的; 真核生物中mRNA的转录和翻译表达发生在不同的时间和空间范畴内。 2.原核生物mRNA的5’端无帽子结构,3’端没有或只有较短的多聚A尾结构,mRNA降解快,半衰期短; 大多真核生物mRNA的5’端有帽子结构,3’端具有一段大约50-200bp的多聚A尾结构。 3、许多原核生物以多顺反子的形式存在,而真核生物以单顺反子的形式存在。 4、原核生物以AUG为起始密码子,有时以GUG, UUG为起始密码子, 真核生物只以AUG为起始密码子。 关于mRNA的基本概念 1、编码区:从起始密码子AUG开始,经过一连串编码氨基酸的密码子直至终止密码子的碱基序列; 2、5’端上游非编码区(5’UTR):位于ATG之前不编码的碱基序列; 3、3’端下游非编码区(3’UTR):位于终止密码子之后不翻译的区域。 4、单顺反子mRNA:只编码一个蛋白的mRNA; 5、多顺反子mRNA:编码多个蛋白质的mRNA; 帽子结构的功能 1、有助于mRNA越过核膜,进入胞质; 2、保护5’端不被核膜降解; 3、翻译时供IFiii和核糖体识别,是翻译所必须的;而原核生物是通过起始密码子AUG上游的一段SD序列的保守区与核糖体结合 多聚A尾的功能 1、是mRNA由核内进入胞质所必须的 2、增加了mRNA在细胞质内的稳定性,mRNA刚进入胞质时,A尾较长,随着mRNA在胞质内时间的延长,A尾逐渐变短,mRNA进入降解的过程 3、可以促进核糖体的有效循环
|
|
来自: wangprince2017 > 《RNA-Seq》