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今天是第792期日报。 一文读懂：Rob Knight手把手指导菌群研究（必读综述）Nature Reviews Microbiology[IF:26.819] ① 菌群研究和分析方法正高速发展，研究方法标准化、数据共享平台的推广为联合独立项目、完善已有成果提供可能；② 实验设计需合理设置空白和对照组，并考虑实验动物的习性；③ 可参考对已知菌群的分析效果，决定采用标志基因组、元基因组还是转录组分析方法；④ 基于序列实际差异的菌群分析方法应逐步代替OTU分析；⑤ 基于菌群相对丰度的相关性分析容易出现假阳性，需要优化分析方法；⑥ 多组学数据联合有助于进行全面的、机制性的菌群研究。 Best practices for analysing microbiomes 05-23 DOI: 10.1038/s41579-018-0029-9 一文读懂：膳食纤维如何影响肠道菌群和健康（必读综述）Cell Host and Microbe[IF:14.946] ① 膳食纤维有利于维持肠道菌群健康，增加其多样性和功能；② 膳食纤维及其菌群代谢产物短链脂肪酸，可增强肠道屏障功能（促进粘液生成和连接蛋白表达）、降低肠腔内的氧含量、维持免疫系统健康；③ 对炎性肠病、结直肠癌、慢阻肺、哮喘、肥胖和糖尿病等免疫和炎症相关疾病均有益；④ 膳食纤维还能结合并调节营养物质和胆汁酸的吸收和代谢，其菌群代谢产物阿魏酸也对身体有益；⑤ 推荐每天50g的膳食纤维摄入量，但具体数值应根据个体情况决定。 The Impact of Dietary Fiber on Gut Microbiota in Host Health and Disease 06-13 DOI: 10.1016/j.chom.2018.05.012 肠道菌群在营养和健康中的作用（综述）British Medical Journal[IF:20.785] ① 肠道菌群影响免疫、能量代谢等人体健康的诸多方面，菌群失调和多样性降低与多种疾病相关；② 饮食和营养影响肠道菌群，菌群发酵膳食纤维生成短链脂肪酸，有多种健康益处，三甲胺、吲哚丙酸等菌群代谢产物也对健康产生直接影响；③ 药物、食品添加剂、抗生素和杀虫剂，均可能对肠道菌群产生不良影响；④ 膳食纤维及益生元/菌等干预方法靶向肠道菌群，可对特定病症有改善作用，需更多随机对照临床试验进行验证；⑤ 个性化营养需考虑肠道菌群。 Role of the gut microbiota in nutrition and health 06-13 DOI: 10.1136/bmj.k2179 肠道菌群与代谢疾病：进展、机制和陷阱（综述）Gut[IF:16.658] ① 代谢疾病中，基因、食物和药物影响菌群组成和数量、代谢产物和免疫间的平衡；② 菌群组成与肠道黏液层、抗微生物信号和SCFA生成相关；③ 丙酸和丁酸作用于GPCR，促进L细胞生成肠肽调节能量摄入和血糖，影响MAIT和Treg等免疫细胞，还能激活PPAR-γ以维持肠道厌氧环境，影响肠道屏障功能；④ 粪便普雷沃氏菌和Akk菌的研究提示，特定细菌的有益/害作用可能受多种因素影响，而不是绝对的；⑤ 谨防菌群研究中的“陷阱”，关联性不等于因果性。 Human gut microbiome: hopes, threats and promises 06-22 DOI: 10.1136/gutjnl-2018-316723 Cell子刊：肠道菌群通过免疫途径调节宿主代谢Cell Metabolism[IF:18.164] ① 果蝇的表达速激肽的肠内分泌细胞（EE）中，免疫缺陷（IMD）先天免疫通路信号可增强速激肽和胰岛素样肽3的表达、肠细胞脂动员和胰岛素信号；② IMD通路突变果蝇的代谢表型与无菌果蝇类似，果蝇幼虫的正常发育需要激活EE中的IMD通路；③ 肠道菌群代谢产物乙酸，经EE的膜受体PGRP-LC，使IMD通路活化，喂食乙酸或活化IMD通路均可加速无菌果蝇幼虫的发育；④ 先天免疫不仅是抵抗肠道感染的第一道防线，也为共生菌群调控宿主代谢提供一种途径。 The Drosophila Immune Deficiency Pathway Modulates Enteroendocrine Function and Host Metabolism 06-21 DOI: 10.1016/j.cmet.2018.05.026 Nature子刊：色氨酸代谢平衡影响肠道菌群介导的代谢健康Nature Medicine[IF:29.886] ① 高脂饮食显著增加小鼠肠道的吲哚胺2,3-加双氧酶（IDO）活性，促进色氨酸分解代谢为犬尿氨酸，限制了肠道菌群的吲哚-3-乙酸等色氨酸代谢产物生成；② 敲除编码IDO的基因Ido1或用药物抑制IDO活性，可改善高脂饮食喂养小鼠的胰岛素敏感性、肠粘膜屏障、内毒素和慢性炎症、肝脏和脂肪组织的脂代谢；③ 上述益处与肠道菌群变化和IL-22水平上升有关，用抗体中和IL-22可消除敲除Ido1的益处；④ 肥胖和糖尿病患者中也存在同样的色氨酸代谢变化。 Genetic deficiency of indoleamine 2,3-dioxygenase promotes gut microbiota-mediated metabolic health 06-25 DOI: 10.1038/s41591-018-0060-4 Cell子刊：一文读懂，肠道菌群如何调节色氨酸代谢（综述）Cell Host and Microbe[IF:14.946] ① 在肠道中，色氨酸代谢主要通过3个途径；② 肠道菌群直接代谢色氨酸，代谢产物包括芳香烃受体的配体，在免疫稳态、肠道屏障功能中发挥作用；③ 免疫细胞及上皮细胞通过吲哚胺2,3-加双氧酶1（IDO1）介导的犬尿氨酸途径，在炎症、免疫反应、神经功能中扮演重要角色；④ 肠嗜铬细胞通过色氨酸羟化酶1（TpH1）介导的5羟色胺产生途径，肠道来源的5羟色胺具有刺激肠道运动、促进肠-脑轴信号等功能；⑤ 在不同疾病中，3个代谢途径受到不同的影响。 Gut Microbiota Regulation of Tryptophan Metabolism in Health and Disease 06-13 DOI: 10.1016/j.chom.2018.05.003 菌群与肝脏的双向交流，如何影响肝病与健康（综述）Trends in Immunology[IF:13.287] ① 肠道和肝胆道存在宿主特异性菌群定植，肠道菌群影响肠壁屏障的完整性；② 肠道菌群调控肝脏和代谢功能，参与酒精性和非酒精性脂肪肝等的发病，胆汁酸及FXR等肝脏来源的信号影响菌群；③ 晚期肝病出现菌群成分易位所致的相关症状，菌群调控代谢性肝病的敏感性，原发性硬化性胆管炎、肝硬化及肝性脑病与菌群相关；④ 循环性菌群成分促进晚期肝病的发病；⑤ 肝-菌群双向交流在健康和各种肝脏疾病中发挥重要作用，可能成为治疗晚期肝病的靶点。 Liver–Microbiome Axis in Health and Disease 05-26 DOI: 10.1016/j.it.2018.05.002 胆汁酸在肠-肝轴中的作用（综述）Journal of Hepatology[IF:12.486] ① 胆汁酸（BA）通过G蛋白耦联受体（TGR5）和法尼酯X受体（FXR）控制宿主代谢通路和调控炎症应答，是肠-肝对话的关键介导因子；② 肠道菌群与BA双向互作，BA通过塑造宿主肠道免疫和部分内源性抗菌特性影响肠道菌群的组成；③ 肠道菌群组成的改变也影响了对BA的代谢，通过BA受体改变信号传导；④ FXR是调控脂质、葡萄糖代谢的核心通路，维持肠道稳态、肠道屏障完整性及肠道免疫；⑤ BA介导肠-肝交流，可望成为多种肝脏疾病的治疗靶点。 Role of bile acids in the gut-liver axis 03-05 DOI: 10.1016/j.jhep.2017.11.025 Nature子刊：肠道菌群及其代谢物引发脂肪肝Nature Medicine[IF:29.886] ① 分析脂肪肝患者的粪便宏基因组、分子表型组（肝转录组、血浆和尿液代谢组）和临床表型；② 患者肠道菌群基因丰富度低，菌群的膳食脂质代谢、内毒素、芳香族和支链氨基酸的生物合成能力增强；③ 与此一致的是患者的代谢组特征，且肝脏免疫炎症等基因表达增强；④ 粪菌移植实验表明肠道菌群可引发脂肪肝，长期苯乙酸摄入（PAA，菌群芳香族氨基酸代谢产物）也有相似作用；⑤ 基于分子表型组学和宏基因组学的建模可用于预测脂肪肝情况。 Molecular phenomics and metagenomics of hepatic steatosis in non-diabetic obese women 06-25 DOI: 10.1038/s41591-018-0061-3 北大王初等：来自中药的黄芩苷如何缓解肥胖和脂肪肝PNAS[IF:9.661] ① 黄芩苷是一种来源于中草药中的类黄酮，具有抗脂肪变性的活性；② 利用定量化学蛋白组学分析方法，鉴定出黄岑苷的关键靶点——肉毒碱棕榈酰转移酶1（CPT1），后者是脂肪酸氧化中的控制酶；③ 黄芩苷直接激活肝脏中的CPT1，促进脂质向线粒体中的内流，用于脂肪酸氧化；④ 长期使用黄芩苷处理可缓解饮食诱导的小鼠肥胖及肝性脂肪变性，并系统性改善其它代谢失调；⑤ 对CPT1上预测的黄岑苷结合位点进行破坏，可完全消除黄岑苷的有益作用。 Chemoproteomics reveals baicalin activates hepatic CPT1 to ameliorate diet-induced obesity and hepatic steatosis 06-11 DOI: 10.1073/pnas.1801745115 Nature Reviews：胖人的肠道菌群如何促炎促癌（综述）Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:13.678] ① 低度炎症是肥胖并发症（糖尿病和心脏病）和胃肠道癌（如肝癌、胰腺癌和结肠癌）共同的特点之一，与肠道菌群紊乱有关；② 肥胖患者中，肠道菌群的失调与肠道屏障功能障碍相关，引起的内毒素血症可导致炎症反应的发生；③ 肥胖患者的肠道菌群中，可产生短链脂肪酸的细菌丰度降低，抑制了GPR43及GPR109A的活化，后两者可通过抗菌肽、紧密连接蛋白及Treg促进上皮细胞中的抗炎症反应；④ 肠道菌群失调引起的脱氧胆酸增加也可能促进癌症发生。 Gut microbiota-mediated inflammation in obesity: a link with gastrointestinal cancer 05-29 DOI: 10.1038/s41575-018-0025-6 Lancet子刊：肠道失调引发炎性衰老促癌症（综述）The Lancet Oncology[IF:33.9] ① 衰老相关的肠道菌群失调，如有益微生物（Akk菌和短链脂肪酸生成菌等）减少，削弱了对致病菌的抑制，破坏肠道屏障完整性；② 菌群产物穿过肠道“漏洞”引发一系列炎症反应，促进生成TNFα、IL-1、IL-6等促炎性细胞因子，使身体处于慢性促炎症状态（炎性衰老）；③ 炎性衰老对免疫系统有负面影响，抑制髓样细胞对老化和癌变细胞的清除，促进肿瘤生长；④ 通过调节肠道菌群进行干预，或能减少炎性衰老、改善免疫功能，降低老年人的癌症风险。 Gut dysbiosis: a potential link between increased cancer risk in ageing and inflammaging 06-01 DOI: 10.1016/S1470-2045(18)30095-0 一文读懂：菌群对情绪、认知和行为的影响（综述）Trends in Cognitive Sciences[IF:15.402] ① 无菌动物和粪菌移植等实验手段，初步确认肠道菌群对情绪、认知和行为等心理学过程的影响，但仍需深入研究；② 肠道菌群通过肠脑轴多途径与大脑沟通：SCFA和神经递质等菌群代谢物、细胞因子和炎症、肠道激素、迷走神经等；③ 有研究支持精神益生菌/元的作用，也有初步临床试验表明粪菌移植对自闭症有一定改善，但切忌过度乐观；④ 应将菌群纳入主流心理学研究，着重于精神疾病的菌群特征、认知衰退中菌群的作用、精测心理功能与菌群的关系。 The Microbiome in Psychology and Cognitive Neuroscience 06-12 DOI: 10.1016/j.tics.2018.04.006 Cell子刊：间歇性禁食改善菌群，或能治疗多发性硬化Cell Metabolism[IF:18.164] ① 在多发性硬化（MS）小鼠EAE模型中，间歇性禁食（IF）可缓解疾病程度和中枢神经病理；② IF增加小鼠肠道细菌多样性，使乳杆菌科、拟杆菌科和普雷沃氏菌科富集，增强菌群的抗氧化代谢通路；③ 并改变肠道内T细胞，生成IL-17的T细胞减少、调节性T细胞增加；④ 粪菌移植实验表明，肠道菌群的变化至少部分性介导了IF的神经保护作用；⑤ 间歇性能量限制有临床转化前景，短期干预可改变MS患者的肠道菌群组成和代谢，其趋势在一定程度上与小鼠相似。 Intermittent Fasting Confers Protection in CNS Autoimmunity by Altering the Gut Microbiota 06-05 DOI: 10.1016/j.cmet.2018.05.006 肥胖肠道菌群如何促进焦虑和抑郁？Molecular Psychiatry[IF:13.204] ① 高脂饮食诱导的肥胖（DIO）小鼠，焦虑和抑郁样行为增多；② DIO小鼠口服甲硝唑或万古霉素，可降低伏隔核等大脑区域的炎性细胞因子表达，改善大脑和外围的胰岛素抵抗，减少焦虑和抑郁行为；③ 这些效果可逆，也可通过粪菌移植在无菌小鼠中重现；④ 代谢组分析表明，抗生素可使DIO小鼠脑内的色氨酸、GABA、脑源性神经营养因子、氨基酸和多种酰基肉毒碱的水平正常化；⑤ 肠道菌群的变化，控制大脑的胰岛素信号和代谢物水平，影响神经行为。 Gut microbiota modulate neurobehavior through changes in brain insulin sensitivity and metabolism 06-18 DOI: 10.1038/s41380-018-0086-5 Nature Reviews：共生菌和致病菌与肠道黏膜屏障间的互作（综述）Nature Reviews Microbiology[IF:26.819] ① 肠道共生菌酵解膳食纤维生成短链脂肪酸，供给肠道细胞能量；② 肠道细胞分泌黏液覆盖上皮粘膜层，共同构成肠粘膜屏障， 黏液中含有的IgA和抗菌肽抵御有害共生菌和病原体入侵；③ 肠道致密共生菌保护其抵御病原体，而肠蠕动和附着性促进病原体定殖，肠道菌群组成或生理改变破坏肠粘膜屏障完整性；④ 小肠粘膜屏因具营养吸收功能，粘液层较薄；⑤ 致病菌的入侵策略包括：利用上皮细胞谱系、分泌酶降解粘液并破坏紧密连接、破坏粘液层和粘液生成。 Interactions of commensal and pathogenic microorganisms with the intestinal mucosal barrier 06-14 DOI: 10.1038/s41579-018-0036-x 陆五元 邵永平等：特定防御素居然帮助志贺氏杆菌感染宿主！Immunity[IF:22.845] ① 人肠道α-防御素5（HD5）是一种宿主防御肽，对肠道稳态及先天性免疫十分重要；② 在体内及体外实验中，HD5均可通过提升细菌的粘附能力，促进志贺氏杆菌的感染性，这种促进作用依赖于HD5的序列及结构；③ 志贺氏杆菌因缺失菌毛，难以有效地粘附于宿主，但菌毛的缺失促进了HD5对志贺氏杆菌粘附能力的提升；④ HD5通过靶向细菌膜蛋白，促进志贺氏杆菌的粘附于感染，可恶化志贺氏杆菌引起的病理表现。 Human Enteric α-Defensin 5 Promotes Shigella Infection by Enhancing Bacterial Adhesion and Invasion 05-29 DOI: 10.1016/j.immuni.2018.04.014 Nature子刊：治肠炎新思路，抑制IL-17F，帮诱导Treg的共生菌定殖Nature Immunology[IF:21.506] ① IL-17A和IL-17F有50%同源性，二者在肠道炎症调控中起不同作用；② 在DSS或T细胞诱导的结肠炎小鼠模型中，敲除IL-17F可增加结肠固有层Treg、缓解炎症，而敲除IL-17A无此效果；③ T细胞和多种结肠免疫细胞生成IL-17F，可以诱导Ang4和PLA2等抗菌肽表达，降低梭菌属XIVa和鼠乳杆菌等肠道共生菌的丰度；④ 梭菌属XIVa促进Treg分化，并诱导结肠组织表达β-防御素1和4，以抑制普氏菌属；⑤ IL-17F抗体可增加梭菌属XIVa和鼠乳杆菌定殖，抑制结肠炎。 Suppression of IL-17F, but not of IL-17A, provides protection against colitis by inducing Treg cells through modification of the intestinal microbiota 06-18 DOI: 10.1038/s41590-018-0134-y Cell：短期渗透性腹泻可引起菌群的长期改变Cell[IF:30.41] ① 给小鼠服用泻药聚乙二醇（PEG）引发轻度渗透性腹泻，持续6天，可引起肠道菌群显著而长期的改变，该影响呈剂量依赖性；② 菌群变化包括：α多样性显著降低、难以完全恢复，一些高丰度菌消失（如S24-7菌科和γ变形菌纲），伴随原本占据同生态位的低丰度菌的扩张（如拟杆菌科）；③ 宿主肠道生理受损，但停药后很快恢复；④ 腹泻也引起宿主的先天和适应性免疫应答，有些免疫反应长期存在；⑤ 降低环境干净程度，有助于消失的菌在肠道内重新定殖。 Transient Osmotic Perturbation Causes Long-Term Alteration to the Gut Microbiota 06-14 DOI: 10.1016/j.cell.2018.05.008 Cell子刊：刺激胃肠蠕动的菌群代谢物，或能治疗便秘Cell Host and Microbe[IF:14.946] ① 色胺是一种由肠道菌群代谢色氨酸产生的单胺，与5羟色胺类似，在人类及啮齿动物粪便中含量丰富；② 色胺可通过激活结肠上皮细胞中特有的一种G蛋白偶联受体（GPCR）——5-HT4受体（5-HT4R），增加胞内的cAMP水平，从而增加无菌小鼠及菌群人源化小鼠近端结肠的阴离子及液体分泌；③ 使用5-HT4R拮抗剂或在小鼠中敲除5-HT4R，色胺无法介导上述效应；④ 无菌小鼠定殖可产生色胺的工程多形拟杆菌，可加速其胃肠道转运。 Gut Microbiota-Produced Tryptamine Activates an Epithelial G-Protein-Coupled Receptor to Increase Colonic Secretion 06-13 DOI: 10.1016/j.chom.2018.05.004 成人使用益生菌治疗胃肠疾病，证据可信度有多高？（综述）American Journal of Gastroenterology[IF:9.566] ① 胃肠疾病中使用益生菌，应以随机临床试验（RCT）作为证据；② 大部分相关RCT都存在规模小、质量低的局限， GRADE系统可用于判定证据可信度；③ 粪菌移植治疗复发性艰难梭菌感染的证据等级最高；④ 乳酸菌、双歧杆菌、链球菌或布拉酵母菌用于抗生素相关腹泻，乳酸菌、双歧杆菌或酵母作为辅助治疗用于根除幽门螺杆菌，可信度中等；⑤ VSL#3、粪菌移植、双歧杆菌用于溃疡性结肠炎，乳酸菌用于痛性憩室病，多种益生菌用于肝性脑病等，证据等级低。 Probiotics in Gastroenterology: How Pro Is the Evidence in Adults? 06-19 DOI: 10.1038/s41395-018-0138-0 鼠李糖乳杆菌保护小肠上皮减轻放疗损伤的机制Gut[IF:16.658] ① 鼠李糖乳杆菌GG（LGG）释放脂磷壁酸（LTA），后者激活小肠隐窝周围的巨噬细胞的TLR2通路，诱导趋化因子CXCL12的表达；② 固有层中COX-2 间充质干细胞（MSC）表达CXCR4，可结合CXCL12，从而激活这些MSC向肠隐窝上皮干细胞附近迁移；③ 这些MSC释放的PGE2可保护上皮干细胞，减少辐射诱导的细胞凋亡；④ LGG诱导的MSC预迁移，使辐射损伤的修复得以迅速开启；⑤ 接受腹部放疗的小鼠中，LGG保护正常肠隐窝，但对移植的肿瘤组织无保护效果。 Lactobacillus rhamnosus GG protects the intestinal epithelium from radiation injury through release of lipoteichoic acid, macrophage activation and the migration of mesenchymal stem cells 06-22 DOI: 10.1136/gutjnl-2018-316226 Nature子刊：宝宝出生第一年，肠道菌群怎样变化？Nature Communications[IF:12.124] ① 分析12名挪威婴儿出生第一年内的2684个粪便菌群（每个婴儿几乎每1-2天一个样本）；② 婴儿肠道菌群发育轨迹高度个体化，呈非线性动态变化，菌群多样性随时间增加，但有波动；③ 出生后约60到130天期间，菌群发育呈加速收敛，不同婴儿间菌群组成差距变小，双歧杆菌属快速增长、厚壁菌门的多个成员减少；④ 该阶段的结束与辅食引入时间一致，之后双歧杆菌属减少、厚壁菌门增加；⑤ 研究婴儿菌群发育时，应重视纵向、高频的样本收集和分析。 Individuality and convergence of the infant gut microbiota during the first year of life 06-08 DOI: 10.1038/s41467-018-04641-7 性激素、肠道菌群与免疫系统的互作（综述）Journal of Autoimmunity[IF:7.641] ① 女性对感染性疾病更有抵抗力，自身免疫疾病的风险也更高；② 机制可能与雌激素及受体对TLR信号通路的影响相关，并且一些免疫调节基因位于X染色体上；③ 性激素通过调节肠道菌群的组成影响免疫系统：雌三醇与雌二醇可抑制群体感应信号从而降低细菌毒力，黄体酮可促进口腔拟杆菌属及普氏中间菌的生长；④ 肠道菌群也可影响雌激素的水平：可将糖皮质激素转化为雄激素，或通过分泌β-葡萄糖醛酸酶，将雌激素-胆汁酸复合物解离释放出活性雌激素。 Connecting the immune system, systemic chronic inflammation and the gut microbiome: The role of sex 06-01 DOI: 10.1016/j.jaut.2018.05.008 Cell子刊：寻找人体菌群中的活性天然产物（综述）Cell Host and Microbe[IF:14.946] ① 通过功能宏基因组筛选，在人体菌群中发现了GPCR激动剂——Commendamide；② 基于功能宏基因组的信息指导生物合成基因的设计，获得了与Commendamide化学性质相似的产物N-酰基酰胺；③ 利用基于宏基因组序列的生物信息学分析，也得到了新型硫肽抗生素、Humimycins、二肽醛、吲哚丙烯酸等类型小分子及其功能；④ 通过代谢组学方法分析菌群的化学图谱，是生物学方法的有益补充，不仅可以发现新型天然产物，也能鉴定基于已知小分子的生物假说。 Accessing Bioactive Natural Products from the Human Microbiome 06-13 DOI: 10.1016/j.chom.2018.05.013 Nature：被严重低估的土壤细菌次级代谢产物Nature[IF:40.137] ① 宏基因组方法得到了来自于酸杆菌门、疣微菌门、Rokubacteria和芽单胞菌门接近完整的376株土壤微生物的基因组序列；② 从中鉴定得到＞1500个新的生物合成基因簇（BGC），其中有＞320个BGC可能具有合成新型抗生素的能力；③ 这些BGC可分为非核糖体多肽合成酶（NPRS）型、聚酮合成酶（PKS）型或者NRPS-PKS混合型，来源于酸杆菌门细菌的数量最多；④ 宏转录组分析显示这些BGC基因和双组分系统、转录激活、抗性和铁调控相关基因共表达。 Novel soil bacteria possess diverse genes for secondary metabolite biosynthesis 06-13 DOI: 10.1038/s41586-018-0207-y Nature Reviews：一文读懂用于人体菌群研究的培养组学（综述）Nature Reviews Microbiology[IF:26.819] ① 培养组学使用多种培养条件促进难养菌生长，结合MALDI-TOF质谱和16S rRNA测序等技术，以鉴定细菌等微生物；② 人体肠道中存在约80%的未知细菌，近年来培养组学的应用不仅使可培养的人体细菌增加了上百种，还用于临床的致病菌分离鉴定，发现新的分类单元，减少了宏基因组的未分配OTU；③ 用培养组学获得的菌株可用于体外和动物实验，对于肠道菌群相关疾病的研究必不可少；④ 培养组学还能用于分离潜在的益生菌，是研发细菌疗法的基础。 Culturing the human microbiota and culturomics 06-24 DOI: 10.1038/s41579-018-0041-0 Nature子刊：研究菌群功能的新方法Nature Microbiology[IF:N/A] ① 菌群生态功能可分为“广泛”和“狭窄”两种类型，前者包括呼吸速率、细胞生产和代谢潜能，后者包括木糖苷酶、几丁质酶、葡糖苷酶和磷酸酶活性；② 相关性分析显示，菌群（尤其是高丰度菌群）丰度与“广泛”功能的相关性强，与“狭窄”功能的相关性较弱；③ 菌群功能互作分析显示，高丰度细菌种系间的负相互作用、低丰度细菌种系间的正相互作用，分别在决定“广泛”和“狭窄”功能中起关键作用；④ 菌群功能互作关系可被群落混合实验证实。 Abundance determines the functional role of bacterial phylotypes in complex communities 06-18 DOI: 10.1038/s41564-018-0180-0 绝对定量菌群丰度的新方法Microbiome[IF:8.496] ① 向样品中加入合成的嵌合体DNA作为内参，可定量计算环境样品中微生物的绝对丰度，并在不同来源样品间进行比对；② 嵌合体DNA的引物结合位点、插入序列的CG含量对应相应的扩增子序列，以质粒为载体被加入样品；③ 该方法会影响菌群种系结构的计算，在相对丰度减少的情况下，特定菌群的绝对丰度可能维持稳定甚至增加；④ 利用该方法，发现18S和ITS扩增子可能分别高估和低估了土壤中的霉菌数量；⑤ 最好通过预实验来选择内参的加入量。 Absolute quantitation of microbiota abundance in environmental samples 06-09 DOI: 10.1186/s40168-018-0491-7 感谢本期日报的创作者：花开，MP，mildbreeze，沈志勋，潇洒小姐mp，小胖子，gaoch，小肠君 |
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