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改良土壤生物性状，一定要从根本上入手，最好的办法就是以菌治菌。要想提高作物产量，需要向土壤内添加生物菌剂（生物菌肥）。国内应用最成熟的就是芽孢杆菌。芽孢杆菌属于细菌，种类比较多，它针对缓解土壤重茬是一个特别好的菌群，能够减轻土传病害的发生，这是一个治本的方法。
国外应用的生物菌剂主要是真菌，例如菌根菌、木霉菌里面的深绿木霉等。真菌的生物菌剂相对细菌来说，生产的工艺更复杂，提纯难度更高。国外的厂家还会有一些土壤菌群调理剂，利用生物刺激素的原理，冲施到地里之后，能够刺激土壤，形成适合本土壤的菌群，增加有益菌含量，缓解作物减产和土传病害。
根部病害发生严重的一些地区，单靠以菌治菌见效慢。生物防治是一个缓慢的过程，需要菌积累到一定量之后，才能达到一个菌群的平衡。例如，补充益恩木生物菌剂时一定要配套生化黄腐酸钾或者黄腐酸钾浓缩膏，菌群就可以尽快达到一个平衡。
目前国内菌肥市场参差不齐，农民朋友们在选择时，不管大厂家还是小厂家，不管含菌量高低，都要提前做好试验示范。生物菌剂作为一个活的东西，受外界制约较大。即使是同一种菌肥，土壤质地、环境条件不一样，应用效果可能有很大差别。有可能某种菌肥特别好，含菌量特别高，但是用到你的土壤中，无法繁殖，也就失去了效果。选择的生物菌剂是否适合我们的土壤，是关键中的关键。
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