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如何快速下载NCBI-SRA的测序原始数据

 风雨都停了 2018-07-23

生信草堂



在高通量测序文章中,作者一般都会将原始数据上传到NCBI中,供后续研究者验证和参考。


而我们在文章中,可以获得的往往只有编号,例如:



那么该怎么来批量下载文章中的所有或某几个样本的数据呢?


1

打开NCBI数据库(/),在搜索框输入要查询的编号。



2

在搜索结果中勾选你感兴趣的样本,选择右上角Send to – File – Accession List, 点击Create File,下载SraAccList.txt 文件




3

下载安装最新版本SRA Toolkit。(/sra/docs/sradownload/#ui-ncbiinpagenav-heading-4 )


4

运行命令:prefetch --option-file SraAccList.txt下载完成后,文件被存储在默认目录:/home/usrname/ncbi/public/sra/


以上就是下载NCBI-SRA的测序原始数据的方法,

欢迎小伙伴们留言讨论。



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