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养殖后期，塘底积累的大量的残饵、粪便、动植物尸体，在高温缺氧下腐败分解，致使水体中氨氮、亚硝酸盐含量极度升高，而且此时期高氮、高磷、高温，蓝藻也容易大面积爆发，该阶段是养殖水质极不稳定时期，这也是养殖后期仍需要培养小球藻的原因。小球藻脱氮除磷的功效极好，使用小球藻，或与枯草芽孢杆菌、EM菌配合使用以调节水质，可降低水体氨氮、亚硝酸盐含量，抑制蓝藻爆发，改善水体环境，减少疾病发生，使养殖动物安全度过高温风险期。在蓝藻高发时期，在水体中培养起小球藻优势藻相，吸收掉蓝藻赖以生长的高氮高磷，切断蓝藻的营养源，从而从根本上控制了蓝藻的爆发，因此利用小球藻去除蓝藻为处理蓝藻水华提供了一个生态、安全的新途径，避免了使用一些杀蓝藻的药物带来的诸多弊端。如果前期没有控制好，导致蓝藻爆发，此时可先使用一些药物杀灭蓝藻，解毒后再使用“小球藻”和“芽孢杆菌”，可迅速恢复水体藻相菌相，稳定水质，控制蓝藻复发。养殖后期，随着残饵、粪便、动植物尸体等含氮有机物质不断增多，而硝化细菌的繁殖速度很慢，致使有机物分解产生的氨氮、亚硝酸盐等有毒物质无法继续转化成无毒的硝酸盐，导致养殖后期氨氮、亚硝酸盐易高难降，不仅使鱼、虾、蟹等抗病力降低，易招致各种病原菌的侵袭，严重时甚至造成养殖对象急性中毒死亡，给养殖户造成严重的损失。一些研究结果表明小球藻和芽孢杆菌联合使用对水质的调控效果优于只使用芽孢杆菌或小球藻，菌-藻联合处理能很好地降低水体中氮、磷的含量，对氨氮的作用尤为明显。小球藻在水体中生长，不仅能释放氧气，促使亚硝酸盐转化为硝酸盐，而且小球藻特别喜欢氨氮和亚硝酸比较高的水体，可直接吸收直接利用氨态氮和硝态氮，使得水体中的氨氮、硝酸盐、亚硝酸盐含量大大降低。使用“小球藻”+“芽孢杆菌”组合，可起到肥水、调水、降低氨氮和亚硝酸盐的作用，而且降下来后不易反弹。小球藻有高于其它植物十倍以上的光合作用能力。小球藻以每隔20小时分裂4个细胞的旺盛能力，被称为“罐装的太阳”，能为池塘提供大量的氧气。溶氧是池塘最重要的指标，溶氧高，饵料的转化率会提高，就能节省养殖成本；溶氧高，水体中的有害物质，可以快速转化；溶氧高，水产动物活力强，不易生病，能促进虾蟹的蜕壳生长，尤其是提高虾蟹蜕壳后的增长倍数。水产养殖过程中常会出现水清、水瘦、水浑浊无藻种或水体倒藻之后急需稳定水质环境。一般而言，倒藻之后水体里面没有藻类容易产生水浑浊、水发黑发臭，溶氧低微生物无法繁殖，有害物质无法分解，这时使用小球藻，迅速产生氧气，整个水体的循环系统就可以正常运转，水体生态系统就可以慢慢恢复，稳定水体环境和降低鱼虾蟹的应激，从而减少发病的机率。
小球藻对增加水体溶氧，降解水中氨氮、硫化氢、亚硝酸盐等毒素，有特殊功效。在重金属污染的环境条件下，藻类能够被诱导产生一种植物螯合的金属结合蛋白和金属硫蛋白，这两种蛋白靠多肽结合有毒的金属离子解毒，能缓解有机物、重金属等中毒的水生动物病状。小球藻细胞内含有丰富的维生素A、B、K和叶酸，而且还富含绿藻特有的活性物质——绿藻生长因子(CGF)，被称为“类荷尔蒙”。国外对其生理功能有较多的研究，可激活NK细胞的免疫活性，增强水生动物机体免疫能力；活化机体细胞，使幼苗生长发育加快，抵抗外来疾病的入侵；促进机体受伤组织修复，解除体内各细胞代谢异常的根源，使各器官的机能恢复正常。
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