我有一组不愿透露细节的数据,数据结构相似,想要做成和以前相似的风格。现在数据在 Excel 中,一共四组,每组 3 个重复值。 图 1:一组保存在 Excel 中的数据 图 2:以前的某张图。 打开心爱的 GraphPad Prism5(我用的是 5,使用 6 和 7 的童鞋,操作类似),新建一个文档,选择柱图格式,复制数据到数据表中,出来一个默认样子的图。以上都是常规操作,操作完这一波得到了这样的图。 图 3: 一波常规操作,新建一个柱图。 图 4:软件自动生成的丑图。 不经雕琢的原图有一种天然的丑感,往往需要我们精心调整,才能符合我们的品位和气质。 图片调整成什么样子,很重要的一方面就是我们会希望和之前做过的图保持相似的风格,显得我们是那样的专业、严谨。 当只有一个数据要处理的时候,我们往往能够保持佛系,逐项调整参数,也花不了多长时间,同时这也是忙碌实验之余的一种非常好的解压方法。 但是当时间紧迫,需要快速出图的时候,或者有几十个一样的数据需要处理时,就需要祭出 GraphPad Prism 中两个神奇的功能了。 < 1=""> 第一个神奇的功能叫做 Magic. Make graphs consistent,在菜单栏中的位置如图所示(Change 下拉菜单)。
图 5:菜单栏中的 Magic. Make graphs consistent 点击这一选项,进入选择模板。选择你想要它成为的样子,选择下一步,勾选出希望一致的参数,点击 OK,回到主界面,就可以导出图片啦。
图 6: 选择示例。 图 7:勾选希望一致的参数。(图中红框所示的位置分别是轴标题和图片标题,在此我对它进行了简单粗暴的打码) 当然了,同时处理多个图片也是相似的操作,只需要按住 Ctrl 键,同时选择需要处理的图片,即可同时对选中的图片施加魔法,使选中的图片都变成模板的样子。 以上示范了柱图的批量做法,其他格式的图片可选择与此相同的方法进行修改,可以起到事半功 double 甚至 triple 的效果。 < 2=""> 除了以上介绍的 Make graphs consistent,还有一种方法也可以实现相同的功能。像刚才那样的数据我还有几个,为了将剩下的几个做成和第一个一样的图,只需要克隆所有格式,只改变数值。 那么,贴心的 GraphPadPrism 5 中有没有这样的功能呢?有的!选择新建数据表格和图,进入之后,选择 「Clone from」,如图所示,可以选择从打开的文件克隆、从最近使用的文件克隆、从保存的模板克隆、从分享的模板克隆。 在此我选择从打开的文件克隆。点击 「Clone」之后,可以选择克隆的内容进行选择,比如在此例中,我就会选择删除数据,保留横纵轴标题,同时更改数据表标题为 2。 图 8:进入 Clone from,并且选择需要 Clone 的项目。
克隆之后,可以看到数据表是空的,而图中仍然保有了和图 1 相同的横纵轴标题。粘贴数据之后,就得到了和图 1 风格相同的图 2 啦。 图 9: 空数据表 2。 图 10:空图 2。 图 11:粘贴数据之后生成的图 2。 以上就是本节的全部内容啦,以上两节的要点是: 1)使用 GraphPadprism 中的 Magic. Make graphs consistent 功能将软件自动生成的图片调整成与模板相同的样式; 2)新建数据表时采用 Clone 功能实现保留所有格式仅清除数据,通过这两种方法可以实现数据的批量处理。 < 3=""> 对于刚才那样的图还有一个问题,就是没有进行统计学分析。统计学分析的方法就不赘述了,这个简单结构的数据就 t-test 就可以了。 但是,实际上我有几十个这样的数据,逐一进行分析工作量太大了,或许会需要熬夜,允许我做个悲伤的表情。那么机智的我,老司机本机又是怎么做的呢? 常规操作生成 t-test 结果。如图所示: 图 12:常规生成的 t-test 结果 可以看到我们最爱的 p value summary,好棒,有一个星星呢。这时候,我们就会开心地跑到图里面去,插入文本,画上星星,为自己竖起大拇指。 但我作为老司机绝不会这样冲动,我会这样:复制 p-value summary 里的小星星,粘贴到图片里,然后调整大小和位置。那么这样做有什么好处呢? 图 13:星号上的 t-test 链接
可以看到,鼠标点在星星上时,会显示 t-testof 2,即这个星星与 t-test 形成了链接,按住 Ctrl 键点击蓝色链接,可以进入 t-test 部分查看,那么这个又有啥用呢?让我来一步步揭开神秘面纱。 为了形成对比,我对数据 1 进行统计学分析,得到 p-value 之后,通过添加文本的方法加入添加到图上。 如下图所示,将光标放在星星之上,可以对文本框进行修改。 为了对比两种生成小星星的方法,我从数据 1 克隆得到数据 3,从数据 2 克隆得到数据 4。得到的图 3 和图 4 分别是这样子的,可以看到没有导入数据的空图 3 里面有克隆自图 1 的文本框即小星星,空图 4 里面没有小星星,但是侧边栏有对于数据 4 进行统计学分析的 t-test 结果。 图 14:没有数据的空图 3 图 15:没有数据的空图 4
为了显示区别,我选择一组很显然没有显著性差异的数据,同时输入数据 3 和数据 4。 可以看到,为了搞事情,我把这组数据每一组内的第二个值都改成了 25,这样样本方差太大就算不出统计学差异了。 图 16:搞事情的数据 把这组为了搞事情而编的数据分别输入到数据 3 和数据 4 中,分别会得到什么样的结果呢? 拿好你的手机,扶好你的下巴,准备见证奇迹!可以看到,由图 1 克隆而来的图 3,星星还是那些星星,并没有计算出真正的 p-value,在侧边的操作栏中,也并没有对图 3 进行统计学分析,差评! 图 17:图 1 克隆而来的图 3 而由图 2 克隆来的图 4,从侧边的操作栏中就可以看出非常贴心地为我们计算出了 p-value,并且在图中展示了正确的 p-value,接下来只需要我们微调位置就可以啦。 此时,老司机的脸上露出心满意足的微笑,并且接着用这种方法精心制作了接下来的数十张图片。 图 18:图 2 克隆来的图 4
所以本节主要的内容是,通过复制 t-test 中生成的 p-value,实现在由这张图复制来的图中自动生成 p-value,可以省掉很多的工作量。 最后,插播一条重磅消息 赛业生物科技宣布与 Taconic Biosciences 达成战略合作伙伴关系,两家公司将整合资源,借助新的渠道,减少检疫壁垒,降低成本,共同为全球科研学者提供更多元化的选择以及更高质量的模式动物模型。 |
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