转录组文章思路-怎么写？

转录组文章越来越难发，想必广大科研工作者都深有体会。时光飞逝，年假已匆匆过去，一年的辛勤劳动又开始了，不知今年转录组文章发表乐不乐观呢？下面以一篇2018年1月31日发表在《BMC Genomics》上的转录组文章为例来和大家一起探讨下这个问题。《BMC Genomics》这个期刊大家应该都比较熟悉，14年以前向该期刊投转录组类文章还是比较容易的，后来也就越发困难了，那么这篇文章都写了些啥内容呢？下面就让我们一起来看看。

材料与方法：

该实验选取了对壳二孢属菌侵染具有抗性的兵豆材料-ILL7537和易感品种 ILL6002两种材料，分别设置侵染及注水对照组，测序样品取材时间点为侵染后2h、6h、24h。每个样品重复3次，每样由独立5株材料混合而成。具体设置如下图：

数据分析结果：

如下图，较为细致地介绍了本文的分析内容。

首先是转录本组装及功能注释分析，该部分内容多数文献描述均类似，此处不再详述。各种基因表达差异组合韦恩图如下：

通过对差异基因进行GO、KEGG富集分析发现：在抗性材料中2h取样样品中与病原体识别相关功能基因出现明显富集，6h取样样品中与抗菌物质合成、细胞壁构建及相关转录组因子出现富集；而24h取样样品中出现明显富集的是与抗菌物质合成、抗逆、光合、相关基因。如下图：

接下来作者分别对2h、6h、24h三个时间点抗、感材料间具体某些基因进行细致分析。例如2h时抗感材料中参与病原菌识别的激酶LRR-RK；钙调蛋白域蛋白激酶（CDPK）及参与细胞壁延伸及重建的木聚糖水解酶XTH等；6h时参与植物初级防卫反应的相关基因如PMEI、PGIP、ARP、SOD等等；24h与衰老、程序化凋亡相关的基因等。详见下图：

接下来作者发现了如MYB49等基因表达较为稳定，可以作为他人实验时的内参基因。

另外作者还挑选了5个和抗性相关的基因进行了QPCR试验，验证了RNA-Seq的准确性，如下图：

最后作者根据差异基因功能及表达模式将以上这些差异基因划分到六个大的功能群组内详细讨论其在防卫反应中的作用，六大类群组如下：1.参与病原菌识别及早期信号转导；2.参与结构防卫反应；3.参与生物化学防卫反应；4.参与超敏反应及细胞凋亡；5.参与系统获得性抗性反应；6.转录因子调控。并整合如下图：

纵观这篇文章，小编觉得有如下几个亮点：

1. 取样时间点设置科学，有充分试验、文献支持，取样点与植物防卫三级反应对应，使得后续分析论述层次分明。

2. 内容详实，细致入微。例如讨论部分分析了与处理不甚相关的与光合反应有关基因富集显著的原因；作者最后将差异基因归入六大类，每类涉及多个基因，多篇文献支持，对已有结果进行验证、拓展和升华。

从这篇文章来看，18年要发《BMC Genomics》这个档次及以上的转录组文章，材料常见不是阻碍，试验设计简洁不是硬伤，如何写作才是问题！套路式的罗列结果已不再适用，旁征博引、深入拓展才能赢得审稿专家的青睐！

以上是小编一些拙见，欢迎大家在留言区发表自己的见解！