由于玉米芯含糖高，因而在于菇生料栽培中易引起细菌性侵染性病害，在栽培中尤其要注意以下几点：
(1)一定要选择新鲜、无霉变的玉米芯，在装料以前要选择晴天，在太阳下暴晒2天以杀死培养料中杂菌。
(2)加大接种量，使平菇菌丝尽快占全料面，控制杂菌生长。
(3)由于微孔发菌使平菇菌丝、杂菌呼吸增强，使料温升高，极易引起培养袋烧菌，平菇菌丝活力减弱，杂菌优势增强，因而发菌气温偏高时，要单层摆放，定期检查料温。发菌温度偏低时，可摆放2～3层。
(4)平菇菌丝发好后入棚以前，栽培棚一定要预先消毒，以免引起杂菌污染。
