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Plus深读 | 组蛋白H1.2降解促进ATM激活和DNA损伤修复

 六月花LI 2018-09-11

原文链接:

http://pmo347760.pic31./upload/ek5h.pdf


本研究证明了H1.2能够抑制ATM异常激活导致的染色体改变。H1.2能够结合ATM的HEAT结构域,抑制MRE11-RAD50-NBS1 (MRN)复合物介导的ATM。DNA损伤后,H1.2会迅速被PARP1催化ADP化、进而蛋白酶体降解。PARP1缺失或者H1.2 ADP修饰位点的突变都会抑制ATM激活以及DNA修复,影响细胞存活。

 

ataxia telangiectasia mutated (ATM): DNA损伤修复过程中关键激酶,能够形成复合体,催化DNA断裂后的磷酸化和乙酰化,以及MRE11-RAD50-NBS1 (MRN) 复合体的装配。


1:linker组蛋白H1.2能够抑制ATM依赖的DNA损伤

首先研究者利用CRISPR-Cas9分别构建H1.2、H1.3、H1.4敲除细胞系(Fig.1a),发现只有H1.2敲除细胞中etoposide和IR激活的H2AX, NBS1, SMC1和ATM等marker水平上升(Fig.1b-c)。单纯的过表达H1.2并不会影响DNA损伤中γ-H2AX水平(Fig.1d)。接下来研究者分别使用两个DSB诱导的激酶抑制剂:

1)  ATM:Ku55933

2)  DNA-PK:Ku57788

发现只有Ku57788能够抑制能够抑制DNA损伤中γ-H2AX水平(Fig.1d),另外siATM能够回复H1.2缺失导致的下游(SMC等)磷酸化激活,但DNA-PK和ATR则无此作用(Fig.1e),说明可能H1.2的功能可能通过ATM执行,而不是DNA-PK。并且在ATM缺失的A-T cells中H1.2缺失则对γ-H2AX水平没有影响(Fig.1f)。Figure 1g和h说明,H1.2缺失会导致ATM水平的上升,暗示了H1.2对ATM功能的负向作用。

 

Figure 1


2:H1.2能够直接结合ATM,并抑制其酶活

ATM能够催化p53的磷酸化,H1.2的表达则会抑制p53磷酸化水平、H2AX的磷酸化(Fig.2a),说明H1.2能够抑制ATM活性(Fig.2b)。体外pull-down、和质谱都证明H1.2通过c末端结合ATM的HEAT重复结构域(Fig.2c-f),并且结合会抑制ATM的功能(Fig.2e)。etoposide诱导DNA损伤后,ATM和H1.2的结合减弱(Fig.2h)。

 

Figure 2


3:H1.2能够结合MRN复合体,影响ATM的招募和激活

DNA损伤后,ATM损伤过程需要MRN复合体(包括MRE11、RAD50、和NBS1)。研究者进一步发现H1.2能够结合MRN复合体(Fig.3b),主要是结合MRE11而不是RAD50和NBS1(Fig.3b-d)。NBS1缺失影响ATM活性,而进一步敲低H1.2又会回复部分活性(Fig.3e-f)。同样的,全长的H1.2过表达会抑制ATM与MRN复合体的结合,而c末端缺失的则不起作用(Fig.3g-h),而且可以进一步抑制DNA损伤后ATM和复合体的结合增强(Fig.3i),以上结果都证明H1.2能够通过直接结合调控ATM和MRN复合体之间的结合。

 

Figure 3


4:DNA损伤过程中H1.2迅速解离并降解

研究者发现,DNA损伤刺激后,H1.2水平会逐渐降低(Fig.4a-e);并且蛋白酶体抑制剂MG132、 Oprozomib能够抑制这种降解(Fig.4f-g)。另外HDAC抑制剂TSA和NaB能够促进H1.2的降解(Fig.4h),NaCl同样能够促进H1.2降解(Fig.4i)。

 

Figure 4


5: DNA损伤诱导PRAP催化H1.2的解离

研究者分别用ATM、DNA-PKs和PARP抑制剂处理细胞,发现PARP的抑制能够降低H1.2的解离(Fig.5a);并且PARP的敲除也会得到类似的作用(Fig.5b-c)。PAR能够与H1.2结合,但c末端缺失、以及S188A(预测的PAR修饰位点)突变的H1.2则不能结合(Fig.5d-g);并且两种突变都会导致H1.2不能在DNA损伤时解离(Fig.5h)。

 

Figure 5


6:H1.2的PAR修饰对DNA损伤后ATM激活至关重要

细胞中Parp的缺失和抑制剂都能减少ATM激活(Fig.6a-c);然而如果进一步降低H1.2水平,这种ATM的功能抑制又会被恢复(Fig.6d)。过表达突变型的H1.2 S188A抑制ATM的激活(Fig.6e-f);PAR修饰的H1.2与MRE11的结合能力减弱,导致其抑制ATM激活的能力相应减弱(Fig.6g-i)。

 

Figure 6


7:H1.2的解离和降解对DNA修复以及细胞生存至关重要

首先研究者发现,H1.2敲除后的细胞,在DNA损伤后存活能力更强(Fig.7a-b),HR和NHEJ两种DNA修复水平都会升高(Fig.7c-d)。ATM敲除细胞的修复能力则会下降,且不能被H1.2敲除恢复(Fig.7e-f)。H1.2敲除细胞增强的修复能力,会被H1.2 S188A的过表达破坏(Fig.7g-h),证明H1.2的PAR修饰对这一过程至关重要。

 

Figure 7


结论

本研究详细分析了前人已经观察到的H1尤其是H1.2对于DNA损伤修复过程的作用,解析了其分子机制:


H1.2结合于染色体上,在DNA损伤后被PAR修饰、从而降解,引起ATM的激活,与MRN复合体一起作用于DNA损伤修复。



本文来源

1. Zhiming Li, et al. Destabilization of linker histone H1.2 is essential for ATM activation and DNA damage repair. Cell Research (2018).


Reference

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