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circRNA是区别于传统线性RNA的一类新型RNA，具有闭合环状结构，大量存在于真核转录组中。大部分的环状RNA是由外显子序列构成，在不同的物种中具有保守性，同时存在组织及不同发育阶段的表达特异性。 由于环状RNA对核酸酶不敏感，所以比线性RNA更为稳定，这使得环状RNA在作为新型临床诊断标记物的开发应用上具有明显优势。circRNA作为竞争性內源RNA（ceRNA），能竞争性结合miRNA，从而调控miRNA靶基因的表达。 但是很多童鞋可能还不是很了解如何调取circRNA正确的全长的序列，所以今天科研小助手就为大家讲解一下如何调取circRNA基因组和剪切后的序列情况。 一、 circRNA基因组序列调取 1. 首先打开circBase网站： http://www.， 2. 如果你有circRNA的ID号是最好的了，这里科研小助手直接随便输入一个基因的名字EGFR进行模糊搜索，结果如下： 3. 可以看到结果有很多，这些都是EGFR的mRNA剪切形成的circRNA。 如果你对哪个circRNA感兴趣想要调取其在基因组上的序列那么就点击position (genome browser link)一栏的链接，比如我们调取第一个circRNA的基因组序列，就点击chr7:55209978-55214433，这时候你就跳转到了UCSC这个神奇的网站。 4. 然后点击hsa_circ_0080220后面对应的线条，跳转到如下界面； 5. 点击View DNA for this feature (hg19/Human)； 6. 点击 get DNA，最后你就得到circRNA hsa_circ_0080220的基因组上的序列了。 二、circRNA剪切后序列的调取 无论是对circRNA进行过表达还是敲减或者是PCR验证设计divergent引物，一般都是使用circRNA剪切后的序列，所以科研小助手也为大家讲解一下如何调取circRNA剪切后的序列。 1. 我们按照上述步骤搜索出结果之后直接点击Fasta； 2. 出现如下界面后，默认选中的是genomic，我们需要选中spliced，点击search； 3. 这时会下载一个压缩包，你只要保存这个压缩包然后解压以记事本的方式打开文件即可，如下即是circRNA剪切后的序列了 这个方法下载下来的是所有搜索结果的circRNA序列。如果只想获取你感兴趣的circRNA序列可以用circRNA的ID号再搜索，这样就只会有一个结果了。如果你还有任何疑问欢迎在留言区留言。 |
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