思路范文
转录调控 转录因子调控了谁? 给你的新鉴定的转录因子加个Key Figure 哪个蛋白质调控我感兴趣的基因? ChIP系列实现Plan A:点鼠标、批量实现、小丫帮你实现
motif系列实现Plan B:找启动子区的motif、互补链上的motif有意义吗?怎样展示结果? - 启动子区预测出来几百个motif,哪个才是真正调控我的基因的转录因子?怎样进一步筛选?这套策略你没看过?Plan C:不需要那么多ChIP-seq - 经过motif分析、DHS筛选、ChIP-seq数据验证,还剩下十个转录因子,选哪个往下做?用这个神器挑表达相关性高的呀:R2 | 14万人的表达谱等你点鼠标 - 启动子区的motif上百个,用DNase/ATAC-seq数据筛到几十个,用ChIP-seq数据验证剩下十几个,用R2筛表达相关性高的还有6、7个,先做哪个?怎么讲故事?当然要跟明星攀亲戚啊!国自然爱明星,拉你的基因进明星通路,一图搞定 找关键转录因子 老板让找DNA转录调控分子,这个技术十拿九稳
我的基因的enhancer在哪? RNA-seq居然能挖出这么多机制!给你的文章加5分 SNP怎样影响转录调控? “突变”影响了“转录因子”结合,这个图你一定需要用同样的工具画图,卖家秀Nature communications VS. 买家秀Nature Genetics
【DNA的epigenomics】
ChIP-seq
ATAC-seq
【RNA的epigenomics】
嘉因生物最近推出超微量MeRIP-seq,最低能做到500ng,你手里的组织/细胞终于也能看m6A了。
【ChIP-seq】用别人的数据发自己的Science | 给你的文章加5分 【ATAC-seq】ATAC-seq能干啥?看这一篇就够了 | 合成致死的ARID两兄弟是怎么分工的?
【DNase-seq】把Cell爆文的思路、方法用到自己的研究中
【Hi-C、DNase-seq、RNA-seq】等我有钱了,我也这样研究一个基因
【例子】ChIP-seq不画出这样的结果图,哪好意思说自己是做生信的
【key figure】他中了国自然,因为最后一周补了这张图
【GSEA】从未见过这么美的GSEA结果图 【GSEA】我有这么多GSEA矢量图代码,喜欢哪个就画哪个 【GSEA】牛人的智慧超出了我的想象,GSEA居然可以这样用 【染色体】从未见过这么美的染色体分布图!直的、美的、不限物种的 【蛋白结构域和突变】他把棒棒糖画到了极至,还跟【神图】画在了一起
【蛋白结构域和突变】多么希望作者们联手开发个“真正好用”的包啊! 【SNP】“突变”影响了“转录因子”结合,这个图你一定需要 【SNP】用同样的工具画图,卖家秀Nature communications VS. 买家秀Nature Genetics 【配色】我画的图只能发Plos One?Genome Research的图长啥样?
【配色】我把Nature的Figure画成了蒙娜丽莎
【模式图】Cell的模式图画反,反,反了
【矢量图】不要截屏,我要矢量图!
【组图】我要用1h完成所有发表级Figure的排版 【排版】用1h完成Figure排版,illustrator学会这点技能就够了
【摘要】摘要写成啥样,被引次数多?| 嘉因生物发表文章的影响力超过70%的研究论文
RNA-seq高阶
从基因组测序数据挖转录调控机制
速查 访谈
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