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有读者反馈说TCGA数据下载神器-TCGABiolinks好像是连接不上TCGA了，而且大概有两周时间了... 本次测试下载前列腺癌的拷贝数数据，在执行GDCquery的时候报错： 报错的意思是无法找到名为TCGA-PRAD的数据，当然也随机测试了几种其它癌型，都无法下载，help(GDCquery)可知参数project的可选癌型可以通过TCGAbiolinks:::getGDCprojects()$project_id得到，查看一下： 相同的报错，也就是说TCGAbiolinks此时无法连接GDC获得数据。 网上也有相同问题的解决方案（问题大概出现在10月底）： https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks/issues/157 https://support./p/102419/ 更新下TCGAbiolinks就好了： devtools::install_github(repo = 'BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks') 如果还没有安装devtools，那就先装下： install.packages('devtools', dependencies = TRUE) 如果安装报错： 则先删除之前的TCGAbiolinks，remove.packages('TCGAbiolinks')， 再重新安装即可： 但是加载的时候可能会报错： TCGAbiolinks会将gridExtra包更新到2.3版本： 这个时候...重启R，加载： 完成！ 此时，再测试GDCquery，可以正常进行了： 下载也正常运行： 另外，再次强调更正一下脚本： TCGA数据下载神器-TCGABiolinks 中涉及到一个stringr包，但是在之前的文档中错写成了strings，用到该包的童鞋注意了，正确的包名是stringr！ |
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