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GSA (Genome Sequence Archive)是2015年底，中科院北京基因组研究所生命与健康大数据中心开发的原始组学数据归档库。数据模型和数据格式遵照INSDC标准，在功能上等同于NCBI的SRA，EBI的ENA和DDBJ的DRA。自上线以来，GSA已接收接近440TB的数据递交，且发布的 accession number号已受到了国际期刊的广泛认可。GSA旨在为全球科学家打造一个原始组学数据归档、存储、管理、共享的平台，为中国本土科学家提交数据提供了极大便利。为方便大家更好地了解和使用GSA，我们为大家总结了一些常见问题，供大家参考。 1要发表文章，想把数据上传到GSA，并且获取accession号，该怎么办？ 首先，登录GSA数据库home页面，注册一个账号。用这个账号登录GSA系统，注册Metadata信息 （BioProject，Biosample和GSA），并通过FTP上传序列文件，等待审核和处理。经信息审核无误，文件归档完成后，系统会生成一个以CRA开头的编号，在文章里引用这个编号即可。 2GSA接收什么类型的数据？ GSA接收不同测序平台产出的组学数据，包括Illumina，PacBio，Ion Torrent等测序平台，并支持通用的数据文件格式，如FASTQ、BAM，以及一些特殊平台的原始格式数据。 如果是Fastq文件，需要提前将数据压缩成gz或者bz2格式。 3GSA接收什么类型的生物样品？ 目前，GSA可以接收人、动植物、微生物、病毒等多物种样本数据，样本类型包括以下7种。另外，宏基因组的样本提交入口也已经开发完成，将于近期上线，敬请期待~~
4该如何填写信息以及上传数据？样本数太多怎么办？数据量太大，网络太忙怎么办？ 用户可以选择在线填写信息，或者表格填写信息；数据文件可以通过FTP上传，或者当数据量较大、网速受限时，选择邮寄数据硬盘上传数据。联系方式如最下所示。 5信息填写完成后，多久能获得accession号？ GSA有一套独立的集群系统用于数据归档处理。用户信息填写完成后，GSA系统会立刻对数据进行审核，如信息审核无误，会立刻进行数据处理和归档操作，保证用户在最短的时间内获得accession号。例如，20个文件，500 GB的数据，信息填写完毕并且数据成功上传后，在数据正确无误的情况下，24小时内可获得accession号。 6GSA目前归档了多少数据？ 截至到2017年12月31日， GSA共接收了469个项目, 17278个 生物样本, 22467 个实验, 24559 组测序数据，序列数据大小共计438 TB。 7国际期刊认可GSA的数据编号吗？ 目前，包括Cell、Nature、PNAS、Genome Research、Cell Stem Cell、Genome Biology、Plant Cell等高影响力期刊在内的大多数国际期刊都认可GSA。 8目前有哪些用户向GSA提交了数据？ 截止到2017年底，共有来自91个单位的286个用户向GSA递交了数据，用户群体涵盖科研机构、大学、医院、公司等各个行业。 9目前FTP的传输速度如何？ 数据传输速度取决于用户端的网络情况。 目前，国内用户的传输速度最快可达到3MB/s，即1G的文件仅需1个小时。如果数据量很大，或用户网速较慢，可以选择通过邮寄硬盘的方式来上传数据。 10在投稿前提交数据，获得accession 号就行了吗？数据需要公开吗？如果文章发表前不想公开数据，如何让审稿人看到数据? 用户提交的数据，在信息和文件被审核正确后获得accession号，此时用户就可以投稿文章了。 如果文章发表前不想公开数据，可以创建一个保密的分享链接，审稿人可以通过这个链接来查看数据。 11文章发表后，怎样发布数据？ 登录GSA账号，在用户提交的GSA列表中选择想要发布的数据编号，点击“立即发布”，就可以立即释放数据。 12数据放在GSA是否安全？ 非常安全！BIGD有稳定的技术团队和完善的数据备份策略来保障数据安全；有稳定的资金支持，来保证GSA系统的长期运行及归档数据的永久保存。 13还有其他问题，怎么办？ GSA 拥有用户服务团队，实时、快速解答和处理用户各种问题。 欢迎来电来函，我们将竭诚为大家做好数据服务。 |
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