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做为临床上最早应用于抑制胃酸分泌的质子泵抑制剂，奥美拉唑一直都是因胃酸分泌过多而导致的胃肠道疾病的首选药物，但是奥美拉唑也是有副作用的，长期使用有可能会导致胃黏膜功能受损、胃粘膜萎缩，从而引发慢性萎缩性胃炎、B族维生素缺乏症、巨幼细胞性贫血、缺铁性贫血。
在临床上，奥美拉唑由于抑制了胃酸的分泌，导致胃酸减少，因此与一些在酸性环境下才能够被人体分解及吸收的药物无法被人体正常吸收，导致了这些药物发挥不了作用，因此应避免此类药物合用，如四环素、氨苄西林、酮康唑、伊曲康唑、补血剂及铋剂等。
与酮康唑等抗真菌药物同用时，因奥美拉唑具有抑制肝药酶的活性，有可能会导致奥美拉唑的血药浓度升高，增加奥美拉唑的肝毒性。
与抗血小板聚集药物同用时，则有可能会引发消化道出血，如氯吡格雷。 另一方面由于奥美拉唑是通过肝药酶CYP2C19进行代谢的，因此对于华法林、安定、苯妥英钠等药物具有增强作用的效果，极易引发这些药物的副作用。 另外一些吸附性较强的药物，如活性炭、碳酸镁铝、蒙脱石散等，与奥美拉唑同用时，会将奥美拉唑也吸附过去，因此也不可以同时服用。
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