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书接上回：） Class II类型的转座子与Class I类型反转录转座子一样古老，并且广泛存在于真核生物中。大部分Class II类型转座子在基因组中的含量较低并且相对稳定，比如真菌基因组中的Pogo-Fot1或麦类作物中CACTA类型的转座子。另外，在原核生物中也有类似Class II类型的重复序列，但相对简单。根据转座过程中是单链状态还是双链状态，Class II类型可分为两个亚类：Subclass I和Subclass II，当然转座过程中并不需要RNA介导。 TIR（terminal inverted repeats, 末端反向重复）类型占Subclass I的大多数，该类型的典型特征是序列两端存在末端反向重复（TIR）。根据TIR序列和长度的不同可分为9种超家族（superfamily）：T1-Mariner、hAT、Mutator、Merlin、Transib、P、PiggyBac、PIF-Harbinger和CACTA。T1-Mariner超家族只在真核生物中存在，主要包含两个末端重复序列和一个转座酶序列，该家族的多数成员更倾向于插入到串联的TA序列之间，即TSD（targetsite duplication, 目标位点重复序列）序列为TA；hAT超家族的TSD序列一般为8bp，序列并不唯一，末端重复序列的长度为5-27bp，总体长度一般小于4Kb，名字来源于三个已知的重复序列家族：果蝇中的hobo家族、玉米中的Ac-Ds家族和金鱼草中的Tam3家族；Mutator超家族广泛存在于真核生物中，其TSD序列大约为9-11bp，尽管其TIR序列往往能达到几百bp，但有的成员却比较短乃至不易被鉴定出来；Merlin超家族的TIR序列长度不一，从几十bp到几百bp不等，TSD序列为8-9bp，只存在于动物和真菌基因组中；Transib、P和PiggyBac类型的重复序列只存在于部分物种中，其TSD序列和长度也有所差异；PIF-Harbinger和CACTA两种重复序列除含有DDE转座酶之外，还分别含有一个DNA结合蛋白和一个功能未知蛋白。CACTA类型在植物基因组中含有高度保守的CACTA元件（有时候为CACTG），序列两端为3bp的TSD，但在动物基因组中含有高度保守的CCC原件和2bp的TSD序列。另外，CACTA类型的重复序列的两端往往含有复杂的末端重复序列。 Crypton类型的重复序列也属于Class II的Subclass I亚类，只在真菌中存在。其序列中含有一个酪氨酸重组酶，与某些噬菌体、IS或DIRS-like类型的反转录转座子类似，但并不含有逆转座酶元件。同时，该类型不含有TIR序列，但有可能通过重组和整合之后产生TSD序列。 Subclass 2亚类在转座时对DNA单链进行复制并插入到目标染色体区段中，该过程不需要进行双链DNA的切割，主要包含Helitron和Maverick两种类型。Helitron通过滚环机制（rolling-circle mechanism）进行复制，只对一条DNA链进行切割，也不产生TSD序列，其末端一般含有TC或CTRR元件（R代表嘌呤）和一段短的发卡结构序列。Helitron类型的重复序列主要存在于植物基因组中，但在一些动物和真菌基因组中也能鉴定的到。Maverick类型的重复序列一般较大，可达到10-20Kb，两端含有较长的TIR序列，在除植物之外的真和生物中广泛存在。其编码的蛋白可达到11个，但数目和顺序有所不同，有些蛋白与DNA病毒有一定的同源性。这些蛋白中的DNA聚合酶B和整合酶（c-int type）与反转录转座子中的相关蛋白类似，但同样不含有逆转座酶。
附图： 重复序列鉴定流程 LTR（长末端重复）反转录转座子基本结构
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