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公元1235年蒙古的第二次西征发起时，中原战场也打得如火如荼，窝阔台派遣次子阔端率军攻打秦川之地和吐蕃；三子阔出率军攻打南宋；将领唐古攻打高丽。阔端的将领为金朝降将汪世显（便宜都总帅，统领秦川20余州府），在窝阔台酗酒而亡前，阔端率军攻打吐蕃及至拉萨，但闻消息后撤兵；阔出的将领为金朝降将张柔（元帝国将领，河北东西路都元帅，昭毅大将军、骠骑将军），阔出在攻打南宋襄阳时战死，原本阔出是窝阔台的指定继承人，改为窝阔台的另一子曲出负责，但实际军队由张柔率领继续攻打南宋，另外还有将领史天泽（元帝国将领，辅国上将军、中书右丞相）。 在东征上面蒙元帝国共9伐高丽，期间平而复叛，及至元世祖忽必烈才完全攻克高丽。
公元1241年，窝阔台故后出现了宫廷纷争，原本窝阔台遗嘱是三子阔出，但阔出阵亡，所以选择了阔出子失烈门，也就是窝阔台之孙继承汗位。但皇后乃马真（脱烈哥那）临朝摄政擅自篡权，史称“乃马真摄政”，尽管乃马真立贵由为大汗，但实权在乃马真掌控。中书令耶律楚材隐退，由杨惟中出任。（元帝国丞相，20岁出使西域30多国，30岁由窝阔台提拔行中书省事务，元史评价窝阔台故后，杨惟中“以一相负天下”）
(蒙古族服饰女）
乃马真摄政5年后病故，公元1246年，贵由大汗（元定宗）正式继位，公元1247年阔端招降了吐蕃（宋朝时，吐蕃就已经分裂为诸多小国，并且开始册封招降）。至此在阔端征吐蕃数年后，西藏正式纳入蒙古帝国版图。公元1248年，由于贵由大汗继位时，拔都不肯前往，贵由大汗率大军西征拔都，途中病逝，蒙古帝国陷入第二次宫廷争端。
窝阔台大汗期间，窝阔台直接管辖是蒙古、中原（华北）、西域，而金帐汗国、察合台汗国就已经不是直辖范围，因为这两大汗国并不向大汗赋税。而乃马真摄政期间也是朝纲尽废，诸王间更不和睦，期间成吉思汗弟斡赤斤就试图夺取大汗之位，贵由汗正式继位后就除掉了斡赤斤。贵由汗病故后大汗之位又出现了真空。
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